С первых дней войны преподобный Серафим открыто говорил о предстоящей победе русского оружия. На сей счет сохранились убедительные свидетельства, записанные со слов профессора Ленинградской Духовной Академии протоиерея Ливерия Воронова и протоиерея Иоанна Преображенского. Они, будучи еще молодыми людьми, лето 1941 года, как обычно, проводили в Вырице и, как и многие ленинградцы, выехавшие в отпуска и на дачи, не успели эвакуироваться при наступлении немецких частей. Будущие священнослужители в то время пели в хоре вырицкого Казанского храма, куда стекалось множество народа. Всем было известно о патриотической деятельности отца Серафима. Сколько людей именно в то тревожное время пришло по молитвам подвижника к покаянию, горячо обратившись к Господу! Ведь старец так вдохновлял их, твердо говоря, что Господь обязательно дарует русскому народу победу, если тот укрепится в вере своих отцов.
…Румынской частью, расквартированной в Вырице, командовали немецкие офицеры. Им донесли о пророчествах отца Серафима, и вскоре в дом на Пильном проспекте пожаловали незванные гости. И вновь, как когда-то чекистов, батюшка укротил пришельцев через благодатную помощь Свыше. Преподобный сразу поразил их тем, что заговорил с ними на хорошем немецком языке – ведь в бытность свою купцом он часто посещал Вену и Берлин, сотрудничая с австрийскими и немецкими фирмами. Капитан, который был начальником вырицкой команды, спросил у отца Серафима, скоро ли немецкие части пройдут победным маршем по Дворцовой площади? Старец смиренно ответил, что этого никогда не будет. Немцам придется поспешно уходить, а самому вопрошающему не суждено будет вернуться домой, при отступлении он сложит свою голову под Варшавой.
По рассказам плененных немцами местных жителей, которых оккупанты пытались угнать в Германию, этот немецкий офицер, действительно, погиб в районе польской столицы, а невольники были возвращены на Родину. Пророческие слова отца Серафима подтвердил и румынский офицер, также служивший во время войны в вырицкой команде. В 1980 году он приезжал поклониться могиле старца и, разыскав вспомнивших его местных жителей, поведал о подробностях того отступления.
Между тем, отец Серафим еще в начале войны предсказал ряду жителей Вырицы будущее пленение и последующее благополучное возвращение из неволи. В частности, один из бывших старожилов Вырицы, Леонид Викторович Макаров, вспоминал, что старец предсказал это и его семье, ответив, что в дальнейшем они будут жить в большом городе. Время показало истинность слов отца Серафима.
Евдокия Васильевна Федорова свидетельствует о том, что вырицкий старец помог ей отыскать мужа, Алексея Федоровича, находившегося в немецком лагере для военнопленных. По молитвам батюшки Серафима и слезной просьбе супруги лагерное начальство неожиданно отпустило домой единственного кормильца семьи.
Молитвенное предстательство преподобного помогло в годы войны великому множеству людей. Несмотря на сильное измождение плоти, дух батюшки был бодр и свободен. Он пребывал в непрестанной молитве, пламенея любовью ко Господу и ближним. Этот дух врачевал сердца его чад, принося утешение и рождая надежду. В часы своих молений на камне, «в саду, в тиши ночной», подвижник всем сердцем особо молил Господа об освобождении северной столицы от вражеской блокады.
А в это время град святого апостола Петра сражался не только силой оружия, но и соборной молитвой Церкви. Вместе со всеми жителями города-фронта Церковь прошла суровые блокадные годы и полностью разделила с ними все немыслимые испытания. Ежедневно совершались богослужения во всех сохранившихся храмах города, которые не прерывались и после поступления сигнала тревоги.
Храмы были постоянно переполнены верующими, хотя здания не отапливались и порою замерзало масло в лампадах, а люди падали в голодные обмороки. Прихожане Князь-Владимирского собора впоследствии вспоминали, что в декабре 1941 года «посещаемость собора нисколько не упала, а наоборот возросла. Служба у нас шла без сокращений и поспешности, много было причастников и исповедников, целые горы записок о здравии и за упокой, нескончаемые общие молебны и панихиды» [275]. И это в то время, когда по храмам гулял морозный ветер, ибо почти повсеместно оконные стекла были выбиты при обстрелах воздушной волной. Люди, оказавшиеся в совершенно нечеловеческих условиях, качавшиеся от недоедания и холода, возносили к небесам самые горячие свои молитвы.
В чин Божественной литургии была введена особая молитва о даровании победы российскому воинству, составленная в Отечественную войну 1812 года, служился также особый молебен «В нашествие супостатов, певаемый в Отечественную войну» и молебны об избавлении от пленения томящихся во вражеской неволе. Церковь всемерно поддерживала в людях веру и мужество. Ее патриотическая позиция получила всенародное одобрение и признание. Со временем некоторые богослужения в Николо-Богоявленском кафедральном соборе стало посещать и командование Ленинградского фронта во главе с маршалом Леонидом Говоровым.