Словом, нетрудно понять, какие мотивы руководили Федотовым, когда он принял решение уехать на Запад. Пойти на этот шаг ему было нелегко, тем более, что А. Мейер и друзья по религиозно-философскому кружку были против эмиграции. И все же Федотов не стал откладывать. В сентябре 1925 г. он выехал в Германию, имея при себе удостоверение, позволявшее ему работать за границей по средним векам. Что ждало его, не поступи он так, мы можем догадаться по участи Мейера. Через четыре года после отъезда Федотова члены кружка были арестованы, а Мейер приговорен к расстрелу, от которого его спасло лишь заступничество старого друга - А. Енукидзе. Остаток жизни философ провел в лагерях и ссылках. Его труды были изданы в Париже почти через сорок лет после его смерти.
Итак, для Федотова начался новый период жизни, жизни русского изгнанника.
Недолгая попытка устроиться в Берлине; тщетные усилия найти себе место в парижской медиевистике;
первые выступления в прессе с очерками о русской интеллигенции; идейная конфронтация с различными эмигрантскими течениями. В конце концов судьба его определяется приглашением в Богословский институт, недавно основанный в Париже митрополитом Евлогием (Георгиевским). Там уже преподают его старые друзья - Антон Карташев и Сергей Безобразов, впоследствии епископ и переводчик Нового Завета.
Вначале он, естественно, читает историю западных исповеданий и латинский язык, это была его стихия. Но вскоре освободилась кафедра агиологии, то есть изучения житий святых, и Федотов вошел в новую для него область, ставшую с тех пор главным призванием историка.
Лавировать в эмигрантской среде было не просто. Здесь были и монархисты, и аскетически настроенные люди, подозрительно относившиеся к культуре и интеллигенции, и "евразийцы", питавшие надежды на диалог с Советами. Федотов не примкнул ни к одной из этих группировок. Спокойный характер, ум аналитика, верность принципам культурного творчества и демократии не позволяли ему принять какую-либо из радикальных концепций. Ближе всего он сошелся с философом Николаем Бердяевым, публицистом Ильёй Фондаминским и монахиней Марией, впоследствии героиней Сопротивления. Участвовал он и в движении русского христианского студенчества, и в экуменической работе, но, как только замечал дух узости, нетерпимости, "охоты на ведьм", то немедленно отходил в сторону, предпочитая оставаться самим собой. Он принимал идею "реставрации" только в одном смысле - как возрождение духовных ценностей.
В 1931 г. "карловчане", церковная группировка, отколовшаяся от Московского патриархата, объявила, что Православная Церковь и самодержавие нераздельны. "Карловчане" нападали как на Богословский институт, как и на иерархию в России, испытывавшую в то время давление сталинского пресса. Федотов не мог сочувствовать "карловчанам", считавшим себя "национально мыслящими", не только по нравственным соображениям: он отчетливо сознавал, что Русская Церковь и отечество вошли в новую фазу истории, после которой возврата назад нет. В том же 1931 г. он основал журнал "Новый Град" с широкой культурно-общественной и христианско-демократической платформой. Там он опубликовал множество ярких и глубоких статей, посвященных главным образом актуальным вопросам мировой и русской истории, событиям и спорам тех дней. Вокруг журнала группировались люди, желавшие стать по ту сторону "правого" и "левого": мать Мария, Бердяев, Федор Степун, Фондаминский, Марина Цветаева, философы Владимир Ильин, Борис Вышеславцев, литературоведы Константин Мочуль-ский, Юрий Иваск, монах Лев Жилле - француз, ставший православным. Печатался Федотов и в органе Бердяева, знаменитом парижском журнале "Путь".
Однако заветные мысли Федотов наиболее полно выразил в своих исторических трудах.
Еще в 1928 г. он выпустил фундаментальную монографию о митрополите Филиппе Московском, который выступал против тирании Ивана Грозного и заплатил жизнью за свое мужество. Тема была выбрана историком не случайно. С одной стороны Федотов хотел показать несправедливость упреков в адрес Русской Церкви, которая якобы всегда отличалась равнодушием к общественной жизни: а с другой - развенчать миф о том, что старая Московская Русь была чуть ли не эталоном религиозно-социального порядка.
Федотов был глубоко убежден, что исконные духовные идеалы православной Руси имеют непреходящее значение и исключительно важны для современности. Он лишь хотел предостеречь от неоправданной ностальгии по далекому прошлому, которое имело как светлые, так и теневые стороны.