Замечания Иоанна Павла по поводу филиппинской политической элиты показывают, что он испытал определенное влияние кардинала Сина и демократически настроенных филиппинских епископов. Во время приема в президентском дворце Папа решительно осудил военное положение в стране, недавняя официальная отмена которого никак не оправдывала действия правительства в предыдущий период. Любые конфликты между интересами национальной безопасности и соблюдением прав человека, заявил он, должны решаться с точки зрения общепринятого факта, что государство существует для того, чтобы служить интересам народа и его неотъемлемым правам. И если государство систематически нарушает эти права, то это никак не может служить интересам всеобщего блага.
Несмотря на то что внимание средств массовой информации полностью сфокусировалось на драматическом конфликте между семейством Маркос и отстаиванием Папой прав человека, сам Иоанн Павел главное внимание уделил положению в Филиппинской Католической Церкви — самой сильной католической Церкви в Восточной Азии. Его послание к этой Церкви было во многом сходным с тем посланием, которое он адресовал Бразильской Церкви: защита религиозной свободы и других прав человека; утверждение принципов социальной справедливости, но при этом без привлечения политики и без принесения евангелических принципов в жертву сиюминутным политическим интересам. Епископы и священнослужители должны трудиться во благо всего общества, но не посредством революционной борьбы, а руководя католиками в соответствии с теми моральными нормами, которые в свое время были зафиксированы в социальных доктринах Церкви — теми самыми нормами, которые отражены в энцикликах, но не в силу своего приказного характера, а в силу правильного понимания решений Второго Ватиканского Собора, когда социальная активность католиков воспринимается в качестве одного из важнейших элементов всеобщего призыва к святости. До этого визита никогда прежде Папа Иоанн Павел II не подчеркивал такой важной евангелической роли мирян и их ответственности за соблюдение основ веры их соседями.
Центральной частью филиппинского вояжа Папы стала беатификация 18 февраля Лоренцо Руица и его соратников — последняя ступень перед причислением их к лику святых. Это была первая подобная церемония, когда-либо проводившаяся за пределами Рима или Авиньона. Кардинал Син выразил пожелание, чтобы беатификация этого филиппинца и его миссионеров, невинно убиенных в Нагасаки в XVII в., была проведена в Маниле, с чем Папа охотно согласился. На эту церемонию в Лунета-парк пришло около миллиона филиппинцев, а к самому Папе присоединились епископы из Австралии, Бангладеш, Гонконга, Индии, Индонезии, Японии, Южной Кореи, Макао, Шри-Ланки и Тайваня. Перейдя с английского на тагальский, Иоанн Павел напомнил огромной толпе собравшихся на самом грандиозном мероприятии католической Церкви в истории Азии слова приговоренного к смерти мученика за веру, которые тот произнес перед японским судом: «Даже если бы мое смертное тело имело тысячу жизней, я бы без колебаний отдал их за то, чтобы не отвернуться от Христа». Этот человек, будучи сыном китайца и филиппинки, уже сам ставший мужем и отцом, «напоминает нам всем, что жизнь человека должна всецело и полностью принадлежать Христу». Особое значение этого акта заключается в том, что «беатификация впервые проводится в Восточной Азии, которая должна пробудить жизнь всех христиан Дальнего Востока… ради распространения слова Господа по всему миру». Для филиппинцев приглашение Папы имело символическое значение, так как они получили возможность «глубоко укрепиться в своей вере и вдохнуть новую надежду» из примера жизни своих мучеников. То, что они так радостно праздновали в Лунета-парке, было «истинной любовью к Иисусу Христу, который воспринимается верующими как Свет современного мира». Именно такое представление о католиках филиппинцы должны привнести в страны Азии.