Однако таинство Покаяния не стоит рассматривать как автоматически работающее действо, которым грешник вправе распоряжаться по своему усмотрению и которое просто обязано даровать ему прощение. Напротив, отцы Церкви указывают и на необходимое благоговение перед этим таинством и на Богодарованную власть священников силой Св. Духа не только прощать, но и удерживать грехи. Как пишет тот же сщмч. Киприан, «не приносящих покаяния и не свидетельствующих сокрушения о грехах своих всем сердцем и явным исповеданием, должно удалять от общения». По словам свт. Кирилла Александрийского, «люди, облеченные Духом, отпускают или удерживают грехи двумя способами: во-первых, когда одних допускают ко Крещению — тех, кто оказались достойными того по образу жизни и по испытании в вере, — а некоторых, еще не соделавшихся достойными того, не допускают и не приобщают Божественной благодати; во-вторых, когда другой раз разрешают или не разрешают грехи, подвергая запрещениям согрешающих чад Церкви и прощая кающихся». И очевидно, что под таким запрещением имеется в виду недопущение к таинству Покаяния по причине отсутствия у грешника истинного раскаяния, а также недопущение ко Св. Причащению, пока не будет достигнута необходимая мера исправления.
Если рассмотреть вопрос в аспекте хронологическом, можно заметить, что у отцов и церковных писателей первых веков таинство Покаяния освещается преимущественно со стороны внутренней, со стороны духовного и церковно-канонического смысла этого таинства, а стороны внешней, как особого священнодействия — в значительно меньшей степени. Молчание некоторых древних церковных источников о практике совершения этого таинства, видимо, связано с тем, что раннехристианских авторов волновали в большей степени не практические проблемы, а само содержание Покаяния. Кроме того, богослужебная атмосфера древней Церкви была подчас весьма динамичной и гибкой в вопросе формулировок (можно вспомнить, например, призыв автора «Дидахе» позволять пророкам — представителям особого чина в Церкви — «благодарить [т. е. совершать литургические молитвы] столько, сколько они хотят») и поэтому и в отношении формул совершения этого таинства в то время могло и не быть какого-то единообразия.
Но даже несмотря на определенную скудость исторических сведений о форме совершения в таинства Покаяния в древней Церкви, тем не менее, существует целый ряд святоотеческих свидетельств о главных составляющих этого таинства: например, о существовавшей наряду с публичной исповедью исповеди тайной перед священником. Свт. Василий Великий, отвечая на вопрос: «Желающий исповедовать свои грехи — всем ли и кому придется или некоторым должен исповедовать?», говорит: «Исповедовать грехи необходимо перед теми, кому вверено домостроительство Таин Божиих». В другом месте он пишет так: «Монахине более благоприлична и безопасна исповедь, которая совершается при старице перед пресвитером, способным предложить благоразумный способ покаяния и исправления».
Св. отцы часто называют таинство Покаяния лечебницей душ, поэтому священник выступает здесь как врач. Так, свт. Григорий Нисский говорит: «Поведай священнику безбоязненно все сокровенные тайны своей души, обнаружь перед ним, как перед врачом, все внутренние ее недуги».