В апреле 1941 года Бернхардт Франк в чине гауптштурмфюрера СС оказался составе командного штаба рейхсфюрера СС (не путать с Личным штабом). Командному штабу подчинялись воинские подразделения, которые после нападения Германии на СССР начали осуществлять уничтожение евреев, мнимых и настоящих партизан, а также красноармейцев, пойманных в немецком тылу. 28 июля 1941 года Франку была поручена совершенно новая деятельность. Он как эсэсовский офицер должен был превращать «особые приказы» Гиммлера в «Директивы по прочесыванию и зачистке болотистой местности кавалерийскими частями СС». В одной из подобных директив говорилось: «Если с национальной точки зрения местное население является враждебным, расово неполноценным или же состоит из тех, кто является партизанами (что очень часто случается в болотистых районах), а также тех, кто может быть заподозрен в поддержке партизан, то мужчины могут быть расстреляны, женщины и дети подлежат вывозу, крупный рогатый скот и продукты питания подлежат конфискации, а сами деревни полному уничтожению». С августа до середины ноября 1941 года Франк вел журнал боевых действий командного штаба рейхсфюрера СС, а потому был прекрасно осведомлен обо всех акциях, в том числе и карательных, которые осуществлялись пехотными и кавалерийскими частями СС.
В конце осени Франк был назначен командиром роты, а затем и командиром батальона в эсэсовском формировании, укомплектованном добровольцами из числа голландцев. Созданный после нападения на СССР легион «Нидерланды» к январю 1942 года состоял из двух эсэсовских бригад. Вторая бригада была сформирована несколько позже, чем первая. К тому моменту именно 1-я бригада легиона «Нидерланды» наряду с кавалерийской бригадой СС подчинялась командному штабу рейхсфюрера СС. По прибытии в Северную Россию голландцы почти сразу же столкнулись с так называемой «айнзац-группой А», которая осуществляла массовые убийства в этих краях. К великому недовольству Гиммлера, 2-я бригада чаще использовалась на фронте, в тылу, в первую очередь это было связано с тем, что она была подчинена командованию вермахта. Именно в составе этой эсэсовской бригады Бернхардт Франк принимал участие в боях под Волховом, где немецкие части попали в котел. Это время было описано Франком в своих воспоминаниях. В частности, он писал: «В декабре 1941 года мы стали нести на Волховском фронте первые крупные потери после начала похода на Россию. Наш батальон был окружен. Мы отражали вражескую атаку за атакой. Когда нас смогли высвободить в апреле 1942 года, то я как командир батальона оставил позиции только с 90 оставшимися в живых товарищами. После пополнения батальона нас снова перебросили под Волохов, где мы приняли участие в битве, ставшей одним из последних крупных немецких военных успехов в той войне».
5 июня 1942 года Франк направляет организационному руководителю «Наследия предков» Вольфраму Зиверсу письмо, в котором сообщает, что не мог как «командир батальона Ваффен-СС временно принимать участие в исследовательском проекте Лес и дерево в арийско-германской духовной истории и в истории культуры». Можно предположить, что это письмо было ответом на запрос самого Зиверса, хотя бы в силу абсурдности предположения, что Франк на фронте мог заниматься гуманитарными изысканиями. В сентябре 1942 года Бернхардт Франк вновь оказался в командном штабе рейхсфюрера СС. На этот раз он являлся адъютантом, который занимался вопросами личного состава (Па). 2 декабря 1942 года начальник командного штаба, группенфюрер СС и генерал-лейтенант Ваффен-СС Курт Кноблаух ходатайствовал о повышении Франка по службе. В ходатайстве были написаны следующие слова: «Гауптштурмфюрер СС д-р Франк — очень способный офицер СС, обладающий хорошими личными качествами, а также ярко выраженными чувством долга и здоровым честолюбием. Он оказался пригодным во всех заданиях и отличился в боях с противником. Как командир батальона в добровольческом легионе «Нидерланды» и как офицер IIa в командном штабе рейхсфюрера СС успешно справился с ролью штабного офицера. На всех занимаемых должностях его отличала незаурядность».