Но что же объединяло «старую беспочвенную» и «новую национал-социалистическую» науку? Последняя со всей откровенностью заявляла о себе как о политической дисциплине, которая должна выполнять геополитические задачи своего народа (слова В. Вюста из юбилейного сборника). Авторитетные докладчики в 1939 году должны были повлиять на иностранную публику, так сказать, создать образ нового ученого. Но темы докладов не всегда могли способствовать этому. Например, мюнхенский историк Карл Александр фон Мюллер говорил об английской мировой империи и великой Германии с точки зрения произошедших за последние сто лет геополитических изменений. Юрист Пауль Риттербуш посвятил свой доклад исторической необходимости национал-социалистического мировоззрения. Представитель СД Франц Зикс был приглашен на конференцию, чтобы доложить гостям о масонстве как проблеме духовной истории. Банкир, входивший в «кружок Гиммлера», сделал доклад «Из культурной истории денег». Эта конференция, само собой разумеется, не могла продлиться до конца, то есть до 2 сентября 1939 года. «Блестящий зачин конференции был скомкан молниеносным броском вермахта, перешедшего польскую границу», — сообщал в одном из писем имперский руководитель «Аненербе» Вольфрам Зиверс. Многие ученые, приписанные к вооруженным силам, были срочно отозваны с конференции. Началась Вторая мировая война.
Собственно, профессор Вюст полагал, что главной задачей конференции была проверка, «насколько немецкая наука нашего времени восприняла германское индоевропейское наследие как святое обязательство, может ли она планомерно развиваться как политическая наука». Можно предположить, в таком же агрессивном духе должны были развиваться и научные проекты, запланированные для осуществления в замке Вевельсбург. Однако начало Второй мировой войны внесло свои коррективы с этот проект. Бернхардт Франк как эсэсовский офицер, равно как и многие участники Зальцбургской научной недели, был вынужден спешно покинуть мероприятие. По пути на мобилизационный пункт Франк успел обратиться из «города Моцарта» к коменданту замка Зигфриду Тауберту с просьбой, чтобы тот посодействовал его попаданию в части Ваффен-СС. В качестве обоснования Франк указывал на свою учебу в юнкерском училище СС в Брауншвейге. Тауберт сразу же приложил все усилия, чтобы исполнить эту просьбу. В те дни с аналогичным прошением к нему обратился и Руди Бергман, который был не только сотрудником Вевельсбурга и приятелем Франка, но также выпускником юнкерского училища СС в Брауншвейге.
По пути следования из Зальцбурга Франк в Нюрнберге встретился с одним из запланированных для сотрудничества в рамках «проекта Вевельсбург» — Отто Якобом. Франк сообщил Якобу, что тот должен прибыть в замок, если не будет призван в действующие воинские части. При этом он мог стать сотрудником Вевельсбурга только при условии сдачи заранее оговоренного экзамена. Как показала история, никто из троих молодых специалистов, подобранных «Аненэрбэ» для Вевельсбурга, до 1945 года в замке так и не появились. Вероятно, к моменту вступления в новые должности все они были мобилизованы.
30 сентября 1939 года Франк по приказу Генриха Гиммлера был назначен командиром взвода в штандарте «Мертвая голова». С декабря 1939 года Франк являлся командиром роты и одновременно адъютантом командира 3-го запасного пехотного батальона «Мертвой головы». Сам батальон в то время располагался в Бреслау. В конце 1940 года по просьбе научного куратора «Аненэрбэ» профессора Вальтера Вюста Франк на несколько месяцев был направлен в Вевельсбург. Там он должен был составить некий «меморандум». О том, чему был посвящен данный документ, не сохранилось никаких упоминаний. Скорее всего, Франк должен был написать проект программы научных изысканий, которые проводились бы в Вевельсбурге начиная с 1941 года. На это указывает запись в личном деле Франка, которая гласит, что тот во время своего продолжительного «отпуска готовил предложения по окончательному планированию научных зданий и помещений замка Вевельсбург». Позже Франк ссылался на якобы высказанное Гиммлером намерение «со временем иметь в замке специалистов, каждый из которых должен был курировать отдельное гуманитарное направление». При этом будущие эсэсовские исследователи не должны были находиться непосредственно в самом замке. Для их работы было запланировано возведение специальных корпусов (см. проект реконструкции замка и его окрестностей, подготовленный Германом Бартельсом в 1940 году). Эти здания должны были полукругом охватывать Вевельсбург с нескольких сторон.