Первые упоминания о ней относятся к концу XV в., когда Менгли-Гирей заключил туда литовского посла Леза в 1498 г. После перенесения столицы в недавно отстроенный Бахчисарай, город на скале сохранял значение как цитадель и место заключения «ценных» пленников, захваченных на войне. 21 год провел в тюрьме воевода В. Б. Шереметьев, взятый в плен в 1660 г.; гетьман Потоцкий стал пленником в сражении при Корсуни в 1648 г. п др. Содержали там также и послов, вероятно, с целью «давления» на пославших их государей. С 1692 по 1695 год провел в крымской темнице Владимир Айтемиров, прибывший в Крым для заключения мирного договора; князь Ромодановский (видный деятель при Петре I), прибывший с той же целью, также был заключен на три года. В крепости держали лишь знатных и богатых пленников — с целью взять выкуп, вынудить к более выгодным условиям договора н т. д. Простых пленников продавали в рабство в Каффе или Бахчисарае.
При первых крымских ханах в Кырк-оре сохранялся пестрый этнический состав. В ярлыке от 1459 г., выданном жителям крепости Хаджи-Гиреем, на всех, находящихся там мусульман, "кто бы ни пришел и ни осел в крепости", распространяются тарханные льготы. В ярлыке от 1468 г. названы общины и конкретно их старейшины, причем в качестве христианской общины фигурировала армянская. Сопоставить с этим можно сообщение мюнхенского ландскнехта Шильбергера, находившегося здесь в плену с 1394 по 1427 год: "город и страна населены греческими христианами и производит отличное вино".[86]
Позднее источники об аланах-христианах не упоминают. Вероятно, этнокультурная общность, известная как православные крымские греки, вобрала в себя прежних готов, алан, собственно греков и др. Они по-прежнему жили в окрестных долинах, занимались земледелием и виноградарством; центром для них взамен утраченной крепости стал Успенский пещерный монастырь в "ущелье Марии" — Марьям-дере.Что касается Кырк-ора, то в период пребывания здесь хана и войска татары-мусульмане явно занимали Старый город. За крепостной стеной (ныне Средней) выросло торгово-ремесленное предместье. Армянская колония в Крыму была многочисленной: армянские мастера-каменотесы были главными носителями форм сельджукской архитектуры в восточно-византийских провинциях. Их «почерк» легко узнаваем в ранних сооружениях Кырк-ора и Бахчисарая. Иудейская община традиционно занималась торговлей и ремеслами. Караимы особенно славились как кожевники, кузнецы, ювелиры.
Главной заботой Гиреев были оборонительные сооружения. На основании археологических данных можно утверждать, что предшествующие сооружения были полностью разобраны, и материалы из них использованы при обновлении стен. Таким образом, дошедшие до нашего времени кладки, относятся к XV–XVI вв. В ряде мест хорошо видны крупные блоки раннего периода, включенные в верхние ярусы. Перед воротами Средней стены складывается архитектурный ансамбль главной площади города: величественное здание мечети и, вероятно, примыкавшее к нему медресе,[87]
а также стоявшее поодаль на пригорке дюрбе великой государыни Джанике. Эвлия Челеби застал мечеть уже закрытой, так как татары покинули к этому времени крепость, оставив ее караимам. Над входом этой "джамии в старом" (т. с. в сельджукском —