После расстрела матросов что-то особенное появилось во взгляде отца Романа; он часто повторял своей жене: «Я сделал все, что мог, для этих людей, но я чувствую, что это страшное событие будет иметь влияние на мою дальнейшую судьбу… Я тоже понесу свой крест…» Предчувствия отца Романа оправдались. Впоследствии следователь НКВД предъявил отцу Роману обвинение, что он исповедовал матросов и якобы потом их выдал. На самом же деле священника допустили на исповедь матросов после суда, когда приговор им был уже вынесен. Отец Роман старался, чтобы не были наказаны невиновные.
Именно к этому времени относится еще один случай, который повлиял на дальнейшую жизнь отца Романа. Этот случай произошел во Владимирском соборе во время службы, когда настоятелю помогали матросы. Некий матрос Докукин был замечен в краже церковных денег. Отец Роман распорядился отправить его на корабль и сообщил начальству о случившемся.
Именно Докукину в 1918 году предоставилась возможность отомстить священнику. Матрос Докукин стал революционером и подговорил матросов убить отца Романа. По счастливой случайности священник узнал о заговоре и, когда матросы пришли его арестовывать, был уже в Москве. Но судьба впоследствии еще столкнула отца Романа с Докукиным — в 1931 году.
Рассвирепевшие матросы устроили разгром в квартире отца Романа, учинив допрос Анне Николаевне, которая осталась в квартире с годовалой дочерью. Несмотря на угрозы, матушка не сказала, где ее муж.
В Москве отец Роман сразу пошел к единственному знакомому человеку в городе — патриарху Тихону. Святейший патриарх Тихон назначил отца Романа настоятелем Покровского храма на Красной площади. Прежний настоятель, протоиерей Иоанн Восторгов, был убит буквально за несколько дней до приезда отца Романа в Москву.
Россия металась в огне революции. Гибли люди, горели храмы, зло витало даже в самом воздухе, вдыхая который брат убивал брата, а сын — отца. И в это время, когда многие люди с упоением слушали речи революционных проповедников, призывавших народ к борьбе, велика была значимость настоящих проповедей, привносивших добро в заблудшие души.
Осенью 1919 года в связи с закрытием храма отец Роман был переведен в храм святого митрополита Алексия Московского в Голенищенском переулке. Отец Роман обладал прекрасным голосом и неиссякаемым красноречием, услышав его однажды, многие на всю жизнь оставались его духовными чадами.
По благословению патриарха Тихона отец Роман учредил Братство ревнителей Православия, насчитывающее около 200 постоянных членов, а общим числом до 5 тысяч. Ежедневные службы и проповеди во многих московских храмах, постоянные беседы с прихожанами — все это осуществлял отец Роман лично.
Но постепенно среди членов общества выросли достойные преемники святого дела. В помощь батюшке из этой среды были вовлечены два священника.
Помощниками отца Романа стали кроткий и тихий отец Сергий Веселов и бывший офицер Петр Степанов. В 1931 году верный отец Петр разделил участь отца Романа.
В 1927 году образовался ленинградский раскол под предводительством митрополита Ленинградского Иосифа. Отец Роман написал статью «На Божией ли службе?», говоря в ней о том, каково должно быть отношение советской власти к Церкви, вспоминая древних христиан и их гонителей, еще раз доказывая, что подлинным главой Церкви является не иерарх, праведный или согрешающий, а сам Христос.
Деятельность отца Романа находилась под пристальным взглядом властей; в период с 1918 по 1929 год его арестовывали 15 раз, всякий раз отпуская через короткое время. Известно, что отец Роман во время очередного ареста имел длительную беседу с Феликсом Дзержинским, и «железный Феликс» не устоял перед красноречивым священником, обстоятельно объяснявшим ему свои взгляды и позицию. Никто не знает, что именно сказал отец Роман Дзержинскому; удивительно, что ни в одном протоколе не сохранилась запись их беседы, но после разговора со священником в глазах «железного Феликса» стояли слезы и был отдан приказ об освобождении отца Романа. Однако свобода длилась недолго.
Жить в Москве отцу Роману и его приходу становилось все труднее, но священник со смирением переносил все тяготы жизни и учил этому свою паству. На одной из проповедей он сказал: «Корабль в опасности, накануне крушения, кому возможно избежать искушения, примите мое предупреждение во внимание».
Все прихожане были поражены великой скорбью, сквозившей во взгляде и голосе наставника, но единодушно ответили: «Хотим умереть вместе, корабль не оставим». Предчувствовал ли отец Роман, что пришло то время, когда он должен будет выдержать испытания, не предавая своих убеждений? Да, он знал об этом всю жизнь.
Именно ему первому пришлось «покинуть корабль». В 1931 году отца Романа арестовали, вместе с ним был арестован и весь приход, так что храм Святителя Алексия пришлось закрыть: не осталось ни служителей, ни паствы.