После этого Ди занялся придворными интригами, пытаясь подорвать позиции главы католической партии князя Лобковича. Однако влияние князя пересилило, и астрологу пришлось спешно покинуть Прагу. В то же время Эдвард Колли, державшийся более осторожно, остался и даже официально занял должность придворного мага. Он приготовил императору «жизненный эликсир», занялся превращением неблагородных металлов в золото. Поскольку архивы английской разведки сохранились далеко не полностью, можно лишь догадываться о секретных занятиях Колли. Несколько больше известно о его бывшем шефе.
В 1587 году Джон Ди находился в Кракове, получая идущие из Ватикана сведения о подготовке «Непобедимой Армады», которую готовил к посылке против Англии испанский король Филипп II. Ди был тесно связан тогда с неким Франческо Пуччи, пытавшимся похитить переписку между римским престолом и Филиппом II. Англичанин использовал свои «предсказания» бурь на 1588 год, чтобы, распространив их на континенте, помешать рекрутированию матросов и солдат в «Непобедимую Армаду». Впрочем, неверно было бы утверждать, будто жизнь действительного или мнимого магистра розенкрейцеров целиком относится к истории тайной войны. Фигура Джона Ди — математика, астронома, живо интересовавшегося географией, страстного библиофила, владельца, возможно, лучшей научной библиотеки в тогдашней Европе — не может быть сведена к роли одного из агентов секретной службы британской короны. Ли, безусловно, сам был убежден в существовании скрытых сил, управляющих видимым миром. Для него была неоспоримой реальностью таинственная область духов, он верил в мистическую «космическую гармонию».
В век Реформации была широко распространена надежда на полную перемену всего облика мира, на близкое установление тысячелетнего царства. Парацельс оставил пророчество, что вслед за ним явится необыкновенный человек, который откроет превращение металлов и обновит все науки. Прорицание запомнилось. Так, например, его повторил один из приближенных императора Рудольфа II. Стремление к осуществлению этих надежд и было одной из причин возникновения братства магов — розенкрейцеров или легенды о его существовании.
В эпоху Возрождения некоторые ученые для повышения своего авторитета добавляли к своей фамилии инициалы R.C. В различных городах в разное время появлялись манифесты, якобы исходившие от Братства розенкрейцеров и содержавшие призывы к уничтожению папской власти, к обращению в христианство мусульман и т. п. Возможно, что в 1570 году некое Братство магов стало именовать себя Братством розенкрейцеров.
Один из французских алхимиков, Барно, рассказывал, что с 1559 года он посетил многие страны Европы, обмениваясь взглядами с учеными по научным и политическим вопросам. Барно побывал и в Испании, где некогда идеи розенкрейцерства поддерживались так называемыми «просвещенными». В 1601 году в Лейдене Барно опубликовал книгу «О тайной философии», в которой содержался призыв к единению, обращенный ко всем философам Европы (т. е. к членам Братства розенкрейцеров, как считают, впрочем, без достаточного основания, некоторые историки). В 1597 году какой-то странствующий алхимик пытался организовать международное общество для поиска философского камня. Но процесс складывания, переформирования, слияния различных тайных обществ и отпочкования от них новых союзов происходил в первой половине XVII в.
Двумя трактатами, своего рода манифестами розенкрейцеров, которыми они объявили о своем существовании, были изданные в 1614–1615 годах «Весть о Братстве, или Публикации общества достохвального Ордена розенкрейцеров» и «Исповедь Братства». Оба трактата задолго до опубликования циркулировали в рукописном виде. В 1614–1617 годах «Весть о Братстве» издавалась семь раз. В обоих произведениях излагалась мнимая или действительная история ордена. Они содержали обращение к правителям европейских государств и ученым вступать в Братство. Трактаты были составлены в протестантском духе, содержали нападки на Римский престол. Их авторство приписывают немецкому пастору Иоганну Валентину Андреа (1586–1654), в молодости служившему учителем в знатных домах и немало путешествовавшему по Германии, Австрии, Франции и Италии.
Впрочем, многие исследователе оспаривают это, ссылаясь на отсутствие прямых доказательств написания трактатов именно Андреа (и вообще одним лицом), а также на встречающиеся намеки, что эти произведения, или одно из них, были известны еще в XVI в. Оценки колеблются от безоговорочного признания его единоличного авторства до отрицания даже частичного участия.