Широкое убеждение в существовании Общества розенкрейцеров привело к тому, что к его предполагаемым членам обращались многие, желавшие вступить в орден (письма такого рода сохранялись в большом количестве и в XX в., в частности, в библиотеке Геттингенского университета). Другие лица претендовали на то, что являются уполномоченными ордена.
Здесь исследователи сталкиваются с не таким уж редким явлением в истории тайных обществ, когда вопрос о реальности существования того или иного союза оказывается куда менее значительным исторически, чем то влияние, которое оказали слухи, известия о его деятельности на развитие общественно-политической мысли. Вне зависимости от того, было ли Общество розенкрейцеров мифом или действительно существовавшим секретным союзом, неоспоримым фактом является «движение розенкрейцеров», т. е. сумма идей, излагавшихся в трактатах, которые были изданы от имени или считались исходившими от Братства, тот живой и длительный в различных странах Европы интерес, который вызвали эти идеи и который свидетельствовал о том, что они отвечали определенной общественной потребности. Высказывавшиеся языком алхимии и мистики, эти идеи отражали и общее состояние общества в острый период борьбы протестантизма и католической контрреформации, и распространенные среди тогдашней интеллигенции надежды на возможность коренных изменений во всем строе жизни путем использования скрытых сокровищ знания.
В истории ордена в первой половине XVII в., если речь идет о действительно существовавшей единой организации, а не, что более вероятно, о группе обществ, не имевших между собой связи, удивляет сочетание строгой секретности и печатного рекламирования Братства. Поздняя, подлинная история розенкрейцерства затемнена наслоениями различных легенд, изобретенных в начале XVII, во второй половине XVIII и, наконец, во второй половине XIX и в начале XX в. В переплетении этих легенд только-только начинает разбираться историческая наука.
После 1620 года в Германии, ставшей главной ареной Тридцатилетней войны, розенкрейцеры, по-видимому, бесследно исчезли, но некоторое время они еще продолжали действовать в Нидерландах, а несколько позднее — с 40-х годов XVII в. — в Англии. Там алхимик Р. Фладд полемизировал с теми, кто сомневался в существовании ордена. Близость или участие в Братстве приписывали знаменитому немецкому философу Лейбницу, английскому историку И. Эшмолу, священнику Томасу Вогену. Последний закончил Оксфордский университет, издал под псевдонимом Евгений Филалет ряд трудов по алхимии, по вопросам сверхчувственного знания и мистическим тайнам. В 1652 году Т. Воген, издавший в английском переводе «Весть» и «Исповедь», выражал полную уверенность в существовании ордена, но не знал, имелись ли его ответвления в Англии.
Порой восхваления Братства современниками носили характер едва прикрытой сатиры. В одном трактате, написанном от имени трех розенкрейцеров, утверждалось, что одному из них 576 лет, второму — 495, а третьему — 463 года. В другом трактате объявлялось, что орденом открыты неугасающий огонь, вечный двигатель, квадратура круга.
Уже в первой половине XVII в. высказывалось подозрение, что иезуиты позаботились о засылке своих агентов в ряды Братства. На деле первоначально снисходительное отношение высших сановников католической церкви к ордену сменилось преследованиями, к которым явно приложили руку иезуиты. В 1620 году Адам Хазелмейер, придворный юрист или даже секретарь эрцгерцога Максимилиана, вместе с другими розенкрейцерами был как еретик осужден на пожизненную каторгу на галеры, а сам орден был объявлен «зловредным обществом магов». По некоторым сведениям, пятеро Розенкрейцеров были повешены в Германии за принадлежность к Братству. В своих мемуарах кардинал Ришелье писал о «превратных мнениях» розенкрейцеров.
Появившиеся в первые десятилетия XVII в. произведения розенкрейцеров вызывали у лютеран сомнения относительно религиозной ортодоксальности ордена и ярые нападки со стороны католиков. Розенкрейцеров подозревали в связи с дьяволом, колдовстве, в том, что они склоняют доверчивых людей к занятиям магией, пагубным для души, и вообще в вольнодумстве. Несомненно, что в XVII в. розенкрейцерство отражало характерные особенности развития научной мысли того периода, что так отчетливо проявилось в переплетении химии и алхимии, революции в астрономии и расцвете астрологии. Братству розенкрейцеров приписывали важную роль в создании через ряд других организаций («Колледж Грешэма» и др.) в 1662 году английского Королевского общества — первой в Европе академии наук. Унаследованные формы мистики и магии служили лишь оболочкой, в которой происходило формирование новых научных идей, основ передового мировоззрения последующей эпохи Просвещения, формирование по сути противостоявшего церковной схоластике взгляда на природу и общество.