В 1936 году, вместе с назначением на пост губернатора Тайваня адмирала Сэйдзо Кобаяси, закончился период правления гражданских губернаторов. Но приоритетом в политике осталась японизация населения, которую власти начали проводить еще более активно, чем ранее. Связано это было с тем, что для ведения войны с Китаем (она началась в 1937 году) и последующего участия Японии во Второй мировой войне были необходимы не только ресурсы, но и люди, готовые воевать на стороне японцев. А чтобы повысить возможность мобилизации, нужно было усилить политическую надежность. Под этим подразумевалось завершение ассимиляции тайваньцев.
Когда летом 1937 года возобновился открытый военный конфликт с Китаем, власти решили набирать тайваньцев только в качестве «вспомогательных военных», отложив до 1942 года создание добровольческой организации, позволявшей им вступать в бой в качестве комбатантов. Несмотря на то, что японизация на острове шла полным ходом, именно благодаря их «китайским» навыкам тайваньцев стали использовать в качестве переводчиков и посредников оккупационной администрации.
Адмирал Кобаяси, став генерал-губернатором, приказал запретить все средства массовой информации на китайском языке. Он начал проводить агрессивную политику – вплоть до запрета на традиционные китайские праздники и обычаи. Его задачей было «превратить Тайвань в настоящую часть Японской империи».
Начиная с 1937 года в рамках «Движения за превращение в японских граждан» власти стали проводить четыре крупномасштабные кампании: распространение японского языка путем расширения сети общественных школ и языковых курсов; распространение синтоизма (японской религии) и искоренение традиционных культов (вплоть до уничтожения китайских храмов); изменение китайских имен на японские; введение японского образа жизни. Те люди, которые охотно шли на «японизацию», получали дополнительные привилегии от японского правительства.
В результате к 1941 году 76 % храмов было переделано в синтоистские, а значительная часть китайских храмов была уничтожена. В рамках кампании по изменению имен за период 1938–1945 годов, по разным оценкам, заменили китайские имена на японские от 400 до 700 тыс. тайваньцев, что составило примерно 12 % населения острова. Как потом выяснилось, изменение имен, по сути, было формальным и использовалось тайваньцами для более успешного продвижения по службе. Более того, для самих японцев изменение имен приносило лишь неудобства, так как препятствовало учету, проводившемуся по подворному принципу, – получалось, что в одной семье живут люди с разными фамилиями.
Были отменены традиционные тайваньские обычаи проведения свадеб и похорон, не поощрялись такие элементы местной культуры, как тайваньская опера и традиционный кукольный театр. Зато активно пошел набор тайваньских добровольцев в японскую армию. С 1942 года началась крупная кампания по набору добровольцев, но, по сути, это был обязательный призыв в армию, а с 1944 года была введена всеобщая воинская повинность.
Тайваньская экономика с 1937 года перешла на усиленное снабжение военных операций Японии в Азии.
В 1941 году секретной службе Чан Кайши через пленных японцев удалось узнать о содержании японских радиосообщений, из которых следовало, что Япония готовится нанести удар по ВМС США на Гавайских островах. Через военного атташе Китайской Республики в Вашингтоне эти сведения были переданы американцам. Но в США пренебрегли этой информацией и даже стали говорить, что китайская разведка тем самым пытается подорвать американско-японские отношения. Франклин Рузвельт не поверил тогда Чан Кайши и получил Перл-Харбор.
Чан Кайши формально объявил войну Японии (а также ее союзникам Германии и Италии) только в декабре 1941 года, когда США оказались втянутыми в войну на Тихом океане. В январе 1942 года Китайская Республика наряду с СССР, США и Великобританией стала одной из четырех великих держав – союзниц во Второй мировой войне.
С этого времени, благодаря участию Китая, фронт борьбы против агрессии Германии и Японии стал действительно глобальным. И пусть Китай не вел активных действий в ходе Второй мировой войны, само его присутствие в стане союзников играло очень важную роль. А Чан Кайши, используя это обстоятельство, стал добиваться отмены неравноправных договоров со странами Запада и признания ими Китая равноправным союзником.