Ма Инцзю родился в 1950 году в Гонконге, а год спустя его семья перебралась на Тайвань. Он окончил юридический факультет Национального университета Тайваня, а потом продолжил обучение в США, где окончил университет Нью-Йорка и Гарвардский университет.
Защитив докторскую диссертацию в Гарварде, он какое-то время работал на бирже Уолл-стрит, а в 1984 году стал помощником и переводчиком президента Цзян Цзинго. Вступив в партию Гоминьдан, он вскоре получил пост заместителя генерального секретаря партии. С 1988 года работал в правительстве, а в 1991–1993 годах – заместителем главы Совета по делам материкового Китая (организации на уровне правительства, которая отвечает за отношения между двумя берегами Тайваньского пролива).
В 1993–1996 годах Ма Инцзю был министром юстиции, а в 1998 году Гоминьдан выбрал его кандидатом на пост мэра Тайбэя. Он должен был бросить вызов тогдашнему градоначальнику столицы Тайваня Чэнь Шуйбяню из оппозиционной ДПП. И так получилось, что, несмотря на высокие рейтинги, Чэнь Шуйбянь проиграл те выборы, и Ма Инцзю был избран мэром столицы.
На президентских выборах 2000 года Ма Инцзю остался верен Гоминьдану и поддержал кандидата от этой партии Лянь Чжаня. В декабре 2002 года он с легкостью был переизбран на пост мэра Тайбэя (за него тогда проголосовали 64 % избирателей).
Будучи мэром Тайбэя, Ма Инцзю постоянно конфликтовал с центральным правительством из-за таких проблем, как уровень медицинского страхования и контроль за поставками воды во время засухи. Среди его заслуг и инициатив на посту столичного градоначальника можно назвать изменения в написании названий улиц столицы, а также линий и станций метро. Например, названия станций метро стали писаться на китайском и английском языках, причем в некоторых случаях латинская транскрипция китайских слов выполнена с помощью языка пиньинь.
Ма Инцзю высказывал умеренную поддержку идеи постепенного объединения с материковым Китаем и заявлял о неприемлемости независимости Тайваня.
Отличное образование помогло Ма Инцзю снискать репутацию честного и беспристрастного технократа. Вдобавок он был весьма харизматичен и пользовался популярностью среди женщин и молодежи.
27 июля 2005 года Ма Инцзю был избран председателем Гоминьдана, и под его руководством партия одержала убедительную победу на местных выборах в декабре того же года. 13 февраля 2007 года он ушел с поста председателя партии и объявил о своем намерении баллотироваться на президентских выборах 2008 года.
Став президентом, Ма Инцзю положил конец восьмилетнему правлению ДПП. За него проголосовало 7,65 млн избирателей, в то время как за его оппонента от ДПП – только 5,44 млн человек.
Убедительная победа Ма Инцзю на президентских выборах дала ему возможность провести изменения, обещанные им в его предвыборной программе: в первую очередь, экономические реформы и мероприятия по улучшению отношений с материковым Китаем.
Избрание Ма Инцзю президентом Тайваня способствовало быстрому улучшению отношений между Тайванем и материковым Китаем. По его инициативе было впервые установлено прямое чартерное авиасообщение между двумя странами, Тайвань был открыт для туристов из КНР, были ослаблены ограничения на тайваньские инвестиции в китайскую экономику и приняты меры, которые позволили инвесторам из КНР покупать активы тайваньских компаний.
Одно из важных предвыборных обещаний Ма Инцзю в области экономики получило название «План 633»: он предусматривал экономический рост на 6 %, уровень безработицы ниже 3 % и доходы на душу населения в размере более $30 000.
Мы мирным и взаимовыгодным обменом, взаимными консультациями и поощрениями построили небывалую архитектонику китайской нации, создали для Восточной Азии и мира в целом лучший пример мирного урегулирования споров.
В феврале 2006 года, во время визита в Европу, Ма Инцзю заявил, что он лично и его партия поддерживают постепенное объединение с Китаем, но за два месяца до этого он же подчеркнул: «Для нашей партии конечная цель – объединение, но у нас нет временных рамок».