По мнению инквизиции, подсудимые были виновны. Было бессмысленно и почти невозможно доказывать обратное. Ложное обвинение было преступлением. Не было никакой возможности организовать защиту тамплиеров; кроме того, запрещалось созывать специальные соборы. Свидетели не желали давать показания в пользу храмовников, поскольку не хотели приобрести репутацию сообщников. Те, кто выступал на стороне обвинения, могли остаться анонимами. Подсудимому разрешалось составить список своих врагов. Если их имена совпадали с именами обвинителей, то истинность филиппик бралась под сомнение. Единственным выходом, который был у заключённых, являлось признание. В том случае, если подсудимый отрицал свою виновность, неизбежно следовали пытки. В редких случаях, когда осуждённый даже под пытками продолжал упорствовать, его как еретика отлучали от Церкви. Считалось, что ему помогал сам дьявол, и впоследствии заключённого сжигали на костре. Если осуждённый, сделав признание под пытками, потом отрицал его, то несчастного также сжигали на костре, поскольку полагали, что он упорствует в ереси. Признание и покаяние были необходимы, чтобы вернуться в лоно Церкви прежде, чем приговор будет приведён в исполнение. Наказание могло быть разным: от денежных штрафов, если преступление не было серьёзным, до пожизненного заключения, если преступление было крупным.
В феврале 1308 года Климент V заставил французскую Инквизицию временно прекратить допросы, чтобы собрать воедино все свидетельские показания и судебные записи, включая самые последние. 21 декабря 1307 года понтифик издал буллу, чтобы успокоить госпитальеров. Указ подтверждал статус ордена и гарантировал ему защиту. Папа настаивал на том, что судебное разбирательство по делу тамплиеров должно быть проведено под его руководством специальной комиссией. Филипп положил на чашу весов свою репутацию, личную безопасность и даже, можно сказать, королевскую власть. Отступление было невозможно. Монарх настаивал на виновности ордена, возможно, он поверил в истинность собственных обвинений. Вместе с Гийомом де Ногаре король организовал кампанию против Папы: в различных памфлетах они возводили клевету на понтифика и поносили его, обвиняя в том, что тот защищал еретиков, поскольку и сам был грешником. Филипп вновь обратился за помощью к легистам Парижского университета, чтобы получить судебное решение, подтверждающее законность его прав на ведение дела тамплиеров. Однако после месяца дискуссий 25 марта они сообщили ему, что он не может судить храмовников и налагать арест на собственность ордена. Тогда в мае 1308 году Филипп собрал Генеральные штаты. После недельной сессии, во время которой де Ногаре предъявил свои обвинения, 2000 представителей знати, церковников и простого народа поддержали действия короля и высказались за уничтожение ордена.
Позже в том же месяце Филипп отправился в Пуатье с небольшим вооружённым отрядом, чтобы обсудить этот вопрос с Климентом V. 29 мая Папа публично провёл консисторию, на которой присутствовали кардиналы, королевские советники, а также стоящие ниже по званию церковники и миряне. Гийом де Плезиан выступил с речью, в которой издевался над понтификом и даже угрожал ему. Однако Папа ответил, что не изменит своего решения и будет тщательно по закону расследовать дело тамплиеров. Он выразил свою ненависть к ереси, но при этом подчеркнул, что его долг состоит в обеспечении правдивого и беспристрастного приговора. 14 июня де Плезиан выступил с ещё более злобной речью. Однако Климент V твёрдо стоял на своём решении. Затем Филипп попытался найти компромисс. Безусловно, он подчинится власти Папы, но, поскольку Церковь не владеет местом, где можно было бы содержать заключённых, король поможет понтифику, и в распоряжение тамплиеров будут предоставлены камеры французских тюрем. 27 июня король организовал встречу Папы и 72 избранных тамплиеров, чтобы они, представ перед понтификом, признали свою вину. В конце концов, такая возможность дала Клименту V некоторую свободу в принятии решения. Он сказал, что признания были убедительными, и договорился с Филиппом о некоторых уступках в вопросе конфискации собственности. Затем понтифик разделил следствие на две самостоятельные группы.
Во-первых, суд над орденом должна была осуществлять специальная папская следственная комиссия. Климент V заявил, что она доложит результаты следствия на Соборе в Вене, который был назначен на октябрь 1310 года (Собор отложили до октября 1311 года). Во-вторых, был возобновлён процесс под началом Инквизиции, деятельность которой была приостановлена в феврале. Она должна определить вину или невиновность отдельных тамплиеров. Это расследование должно было проводиться на уровне епархий провинциальными советами, во главе которых стоял местный епископ. Однако, как уже говорилось о мирской инвеституре, должность местного епископа была выборной и передавалась с санкции короля. Таким образом, Филипп контролировал процедуру дознания в провинциях.