Папа выслушивал каждого руководителя отдельно, и в результате члены ордена не имели возможности поддерживать связь друг с другом и, возможно, пытались спасти свои жизни за счёт других братьев. Гуго де Перо просил у Папы личной аудиенции. Пробыв два года в заключении, ослабленный и павший духом Жак де Моле дважды сознался в преступлениях. Как и де Перо, он пытался добиться у Папы личной аудиенции. Кроме того, де Моле понимал, что любое слово, сказанное в защиту ордена, может быть использовано против него. Его могли счесть упорным еретиком. Его робкая речь в защиту ордена была абсурдной и бессвязной. 28 ноября 1309 года Гийом де Ногаре в качестве одного из доказательств виновности тамплиеров привёл заявление Саладина, который считал, что причиной поражения тамплиеров в битве была содомия и предательство христианской веры и Устава ордена. Де Моле сказал, что никогда не слышал этого утверждения и, несмотря на предъявленные ему обвинения, не является гомосексуалистом.
Первое заседание папской комиссии закончилось 28 ноября. У Филиппа не было сомнений в том, что у ордена не будет возможности защитить себя.
Второе заседание началось 3 февраля 1310 года. Очевидно, у Филиппа было ещё меньше поводов для беспокойства. Он не боялся, что комиссия помешает ему добиться желаемого результата в деле тамплиеров. По этой причине король приказал своим тюремщикам оказать некоторую помощь следствию и дать возможность высказаться тем заключённым, которые хотели дать свидетельские показания. Нашлось пятнадцать человек, готовых заступиться за орден. Внезапно их выступление получило массовую поддержку, вместо пятнадцати в защиту ордена выступило 597 братьев. 28 марта четырёх братьев назначили представителями от всей группы, в их числе были Пьер Болонский и Рено де Провен — талантливые, образованные и обладающие даром красноречия капелланы-тамплиеры.
31 марта и 7 апреля Пьер Болонский произнёс большую речь, в которой яростно отрицал все обвинения. Капеллан объяснил, что все признания братьев были получены под пытками. Он напомнил совету, что в странах, где запрещалось применение истязаний, не было сделано ни одного заявления против ордена. Он обвинил короля и его приспешников в постыдной лжи и заявил, что пытки пагубно влияют на человеческую душу, поскольку муки затуманивают разум. Невозможно говорить о справедливости, когда тамплиеров держат в королевских тюрьмах и они постоянно находятся под угрозой истязаний и смерти. Пьер Болонский возражал против участия Ногаре и Плезиана в расследовании, поскольку мирянам запрещалось присутствовать на допросе. Он напомнил комиссии, что орден два века служил на благо христианству.
Пьер Болонский в своей пламенной речи в защиту тамплиеров, произнесённой 7 апреля 1310 года, коснулся темы непристойных поцелуев. Он утверждал, что каждый брат получал поцелуй мира во время церемонии принятия в орден нового члена. Выполняя этот ритуал, новичок показывал свою преданность Христу. Капеллан заявил, что всякий, кто говорил иное, повинен в смертном грехе. (В ноябре 1307 года он признался в том, что отрёкся от Христа, плевал на распятие, принимал участие в оргиях с элементами гомосексуализма и давал троекратный поцелуй в зад, пупок и половой орган. Тогда он поклялся, что говорит не под принуждением, а ради спасения своей души.)[114]
К маю 1310 года впервые почти за три года дело приняло благоприятный оборот для тамплиеров. Ясная, убедительная, умно построенная защита храмовников ставила под угрозу лживые, оскорбительные обвинения Филиппа. Королю пришлось искать другой способ борьбы с орденом, поскольку это неприятное дело затянулось. Несмотря на то, что 10 мая Пьер Болонский обратился к комиссии с просьбой запретить Филиппу возобновление провинциальных советов, с 11 мая они продолжили свою работу, расположившись недалеко от Парижа. Этим органом инквизиции руководил другой приспешник монарха, только что назначенный архиепископом Сансским, Филипп де Мариньи. Инквизитор был братом влиятельного казначея Филиппа, Ангеррана де Мариньи. На следующий день 12 мая архиепископ Филипп де Мариньи объявил, что пятьдесят четыре тамплиера, которые недавно выступили в поддержку ордена, являются упорными еретиками, потому что они отказались от собственных показаний, сделанных под пыткой. Их тут же вывезли в поле и сожгли на костре. Умирая, храмовники продолжали утверждать, что орден невиновен.