Иаков II Арагонский из яростного защитника ордена превратился в сторонника Филиппа. В конце ноября 1307 года ещё до получения папской буллы он приказал арестовать всех тамплиеров и конфисковать их имущество. Возможно, Иаков II Арагонский понял, что, учитывая поддержку, которую Филипп оказывал понтифику (король фактически управлял действиями Папы), самым логичным было бы просто следовать ходу событий. В Испании также было много хороших воинов, занятых войной с маврами. Испанские тамплиеры были хорошо подготовлены и вооружены. Возможно, Иаков II почувствовал, что эти быстрые и решительные предварительные меры помогут избежать серьёзной конфронтации в будущем. В декабре он отправил свои войска на замок храмовников. Гарнизон, возглавляемый арагонским магистром тамплиеров, сдался, не оказав сопротивления. Тем не менее другие упорно сопротивлялись из-за того, что король отказался вступить в переговоры. Численность тамплиеров увеличилась, поскольку местная знатная молодёжь присоединилась к рыцарям, чтобы помочь им защитить замки.
В Арагоне расследование папской комиссии началось только в январе 1310 года. Хотя орден воевал с королём на протяжении двух с половиной лет, монарх проявил лояльность по отношению к арестованным тамплиерам. В 1311 году по распоряжению Папы к храмовникам ограниченно были применены пытки, однако не удалось получить ни одного признания. В Арагоне так же, как и в других странах Пиренейского полуострова, включая Португалию, Майорку, Кастилию, тамплиеров оправдали. После этого многие из них покинули страну, ушли в горы и стали отшельниками. Существует предание, будто после смерти тела тамплиеров остались нетленными, что служило неоспоримым доказательством их невиновности и мученичества[115]
.В Германии власти выразили разную степень готовности и желания выполнить приказ понтифика. В каждом регионе решение принималось в зависимости от местной политической ситуации. 11 мая 1310 года двадцать вооружённых тамплиеров ворвались на следствие, который проводил Собор в Майнце, и во всеуслышание опровергли все выдвинутые против них обвинения. Храмовники утверждали, что на плащах сожжённых тамплиеров чудесным образом уцелели кресты, это служило очевидным доказательством невиновности ордена. Во время следующего заседания Собора тридцать семь тамплиеров, дававших показания, единодушно заявили, что выдвинутые против них обвинения ложны. Однако Климент V был разгневан вынесением оправдательного приговора и пересмотрел принятое решение.
В Италии было мало храмовников. Вероятно, многим из них удалось бежать, поскольку нашлось немного свидетелей. Местные правители по-разному отнеслись к распоряжению понтифика. В Ломбардии, несмотря на приказ Папы, власти отказались применять пытки и признали тамплиеров невиновными. В Равенне к ним тоже отнеслись с сочувствием: только семь храмовников предстали перед Собором, власти не применяли пыток к подсудимым и признали их невиновными. В Неаполе король из Анжуйской династии, сторонник Филиппа, немедленно выполнил папский указ: около сорока восьми тамплиеров были арестованы и убиты. Во владениях Папы были найдены только восемь храмовников, семь из них были признаны виновными; в других итальянских областях, таких как Тоскана, где было разрешено применение пыток, на первом же заседании суда тамплиерам вынесли обвинительный приговор.
После потери территорий на востоке тамплиеры перенесли свой главный штаб на Кипр. На острове произошёл государственный переворот: Амори де Лузиньян сверг с престола своего брата в 1306 году и благодаря поддержке храмовников стал правителем. Получив папскую буллу, Амори де Лузиньян стал обговаривать с тамплиерами сроки, в которые он может выполнить приказ понтифика и арестовать их. В мае 1308 года Магистр ордена на Кипре и два других руководителя предстали перед правителем и выступили в защиту себя и ещё 118 тамплиеров. 1 июня 1308 года Амори де Лузиньян осадил замок храмовников в Лимассоле. Тамплиеры сдались и были заключены под частичный арест. Слушание дела началось лишь в мае 1310 года. Все допрошенные заявили о своей невиновности. Однако 5 июня Амори де Лузиньян был убит, а после его смерти Климент V смог провести новые судебные заседания и начать повсеместное применение пыток, надеясь, что комиссия вынесет более «справедливый» вердикт.