Синан доставил своей пастве весьма достойное положение, характеризовавшееся относительной независимостью и мирными отношениями как с франками, так и с суннитами. На протяжении последующего столетнего периода крестовых походов сирийские низариты продолжали поддерживать оживлённые связи с обеими сторонами, сохраняя за собой статус третьей силы в Святой Земле. Они заключали временные союзы с различными как христианскими, так и суннитскими вождями, воплощая своими непредсказуемыми действиями фактор неизвестности, имеющий столь важное значение в такой политически нестабильной стране, как Сирия.
Не обладая харизмой и могуществом Синана, последующие лидеры сирийских исмаилитов вновь подчинились власти Аламута. В 1211 году Хасан III провозгласил возвращение к шариату и вступил в политический союз с Аббасидским халифом. После этих событий низариты, по-видимому, прекратили убивать других мусульман: по крайней мере, сообщения о подобных случаях исчезают со страниц летописей. Однако в 1213 году сирийские
Хотя в своей повседневной жизни сирийские низариты самостоятельно принимали все решения, в случае необходимости они охотно вспоминали о том, что подчиняются Аламуту. Например, во время крестового похода Фридриха II, начавшегося в 1228 году, Фридрих попытался вступить в прямые переговоры с ассассинами. Он привёз им богатые дары. Сирийцы тактично отвечали, что, хотя они умеют ценить проявленное к ним внимание, посольству придётся проделать долгий и опасный путь до Аламута, чтобы провести переговоры на уровне, необходимом для выполнения поручения Фридриха. (Несмотря на проявленную осторожность, за переговоры с Фридрихом низариты подверглись нападению франков и были вынуждены выплачивать дань госпитальерам в дополнение к продолжающимся выплатам тамплиерам.)
В 1230 году низариты оказали помощь госпитальерам в их войне с Боэмундом IV. Его преемник, Боэмунд V, написал папе Григорию IX письмо, в котором жаловался на союз между госпитальерами и ассассинами. Григорий отправил послания архиепископу Тирскому и епископам Сидонскому и Бейрутскому, требуя, чтобы как тамплиеры, так и госпитальеры разорвали любые союзы с ассассинами.
В 1250 году низариты отправили послов к королю Франции Людовику IX, прибывшему в Сирию для участия в очередном крестовом походе. Они просили его избавить их от дани, выплачиваемой военным орденам. Хотя им не удалось достичь договорённости (об этом подробнее см. в части 3), один монах, владевший арабским языком, по имени Ив Бретон, поехал вместе с низаритскими послами в Масьяф. Там он был принят исмаилитским вождём, вероятно Тадж ад-дином, и обсуждал с ним библейские и прочие религиозные вопросы. Позднее Ив рассказал, что хозяин показался ему дружелюбным, умным и образованным и что у изголовья он хранил какую-то христианскую книгу. Ив также изложил учение сирийских исмаилитов, согласно которому того, кто умрёт на службе своего господина, ожидает благоприятная реинкарнация.
Ослабление сирийской низаритской общины было предрешено падением Аламута в 1256 году. Их могущество было подорвано сначала монголами, а затем приходом к власти в Египте мамлюков. В 1259 году умер великий хан Менгу. Узнав об этом, его брат Хулагу вернулся в Персию, оставив во главе сирийских войск Кет-Буку. В 1260 году Кет-Бука потерпел поражение от энергичного и жестокого мамлюкского военачальника Бейбарса, который наконец изгнал из Сирии ненавистных монголов. В этом походе на стороне мамлюков вместе с остальными мусульманами сражались и сирийские низариты.
Мамелюки были рабами, по большей части монгольского и тюркского происхождения, из которых набиралась дворцовая гвардия Айюбидов. Когда в 1249 году умер ас-Салих, последний султан из Айюбидской династии, его вдова Шаджар-ад-Дурр, бывшая рабыня, устроила убийство своего пасынка и провозгласила себя правительницей страны. Каирская знать настояла на том, чтобы она вновь вышла замуж, и выбрала ей в мужья другого бывшего раба Айбека. В 1257 году Шаджар-ад-Дурр убила Айбека, после чего была забита до смерти служанками первой жены своего второго мужа. Следующий мамлюкский султан Кутуз был убит в 1260 году Бейбарсом. Мамелюкские династии управляли Египтом до 1517 года, когда к власти пришли турки-османы.