В Сирии соперничество между имамами из династий Касим-шахи и Мухаммед-шахи затянулось на более длительное время, чем в Персии, и эти междоусобицы оказали отнюдь не благотворный эффект на низаритскую общину. Кроме того, дальнейшему ослаблению сирийских низаритов способствовала непрекращающаяся война с нусейритами, продолжавшаяся и в XX веке. Когда же на смену мамлюкам пришли турки-османы, низариты утратили всякую возможность воплотить в жизнь свои честолюбивые политические замыслы.
Третий, или современный, период начался с переселения низаритского имама в Индию, состоявшегося в середине XIX века. Низаритская дава действовала в Индии с начала XIII века то есть, в позднеаламутскую эпоху. Самых больших успехов достиг индийский
К середине XVIII века низаритский имам перенёс свою штаб-квартиру из Анджудана в Кирман в Юго-Восточной Персии, ближе к индийской границе. Это позволило значительно облегчить тяготы паломников из Индии, отправлявшихся повидать своего имама, и одновременно обеспечить непрерывное поступление в Персию индийской десятины. В 1794 году к власти в Персии пришла династия Каджаров, но это никак не сказалось на благоденствии низаритов. Сорок пятый низаритский имам Шах Халил-Аллах женился на дочери одного выдающегося представителя суфийского ордена Нимат Аллахи. В 1804 году от этого брака родился будущий преемник имамата. Хасан Али-шах. В 1817 году Халил-Аллах был убит в Йязде бесчинствующей толпой шиитов-двунадесятников. В возмещение за убийство отца каджарский правитель Фатх Али-шах даровал молодому имаму Хасану Али-шаху земельные угодья, а также руку одной из своих дочерей. Он также дал ему почётный титул Ага-хан, «Главнокомандующий».
После Фатха Али-шаха на престол взошёл его внук, который плохо относился к низаритам, вынудив Хасана Али-шаха (Ага-хана I) предпринять неудачную попытку восстания. Через несколько лет Хасан вновь поднял мятеж и снова потерпел поражение. Тогда в 1841 году он отправился в Афганистан, положив конец восьми векам пребывания низаритских имамов в Персии. В Афганистане он свёл дружбу с англичанами и пользовался их покровительством. В 1842 году Хасан Алишах уехал в Индию, где вновь выступил сторонником интересов английской короны, видимо, в надежде, что однажды англичане помогут ему вернуться в Персию. Те и в самом деле пытались договориться с Каджарами, но так и не сумели помочь имаму вернуться в родные места.
В 1844 году Ага-хан I переехал в Бомбей. Большинство индийских ходжей с радостью приветствовали своего имама. В Бомбее Ага-хана ждал большой успех. Например, он принял в своём доме принца Уэльсского, будущего короля Англии, когда тот посетил Индию с государственным визитом. Ага-хан I был умелым и жестким руководителем, сумевшим сплотить низаритскую общину. Группа недовольных ходжей, оказывавших сопротивление его усилиям создать единый центр управления, в 1866 году подали против него иск, стремясь добиться запрета на вмешательство в свои дела. Слушания, состоявшиеся в Британском Верховном Суде в Бомбее, длились 25 дней. Судьи рассмотрели огромное количество исторических документов, генеалогических сведений и религиозных текстов. Ага-хан был объявлен председателем Верховного Суда сэром Джозефом Арнулдом законным потомком и наследником аламутских имамов — а тем самым и Фатимидского халифата, и Пророка Мухаммеда — и правомочным получателем налогов и десятины, собираемых с ходжей. Последние годы своей жизни имам провёл в Бомбее, где увлекался скачками и содержал прекрасную конюшню.
Успешно закрепившись в Индии и добившись официального признания, в 1881 году Ага-хан I передал имамат своему сыну Ака Али-шаху. Ага-хан II направил свои усилия прежде всего на создание современной школьной системы для детей низаритов. По примеру отца он продолжил налаживать отношения с британцами, а также с низаритскими общинами в верхнем течении Сыр-Дарьи, в Бирме и Восточной Африке. Ага-хан II сохранил прочные связи с суфийским орденом Нимат Аллахи. Он был прекрасным охотником и унаследовал от отца страсть к скачкам и разведению племенных лошадей. В 1885 году его преемником стал его восьмилетний сын Мухаммед-шах.