Напомним, что в Петербурге XVIII столетия в центральных частях города разрешалось строить дома только «единою фасадой» – вплотную друг к другу. Вероятно, Ломоносову возводить такую махину, занимающую всю длину огромного участка по набережной правого берега, вряд ли было по средствам. Поэтому, возводя главное двухэтажное здание в строго геометрическом центре, владелец довольно остроумно и оригинально принимает решение по двум боковым флигелям. По бокам главного здания тогда же возводятся симметрично два более скромных одноэтажных каменных флигеля. Однако даже флигели в сочетании с главным домом Ломоносова, способные занять все пространство этого широкого участка, превысили финансовые возможности владельца. Тогда Михаил Васильевич, проявляя свою замечательную природную смекалку в решении трудных задач, ставит в «красную линию» два флигеля с тремя окнами каждый, разделенными по фасаду лопатками, а оставшиеся по бокам симметричные «пробелы» оригинально заполняет высокой каменной оградой, имитирующей с улицы объемное продолжение фасадов двух каменных флигелей.
Парадный вход в жилой особняк Ломоносова находился в центре здания, но со стороны двора. Против главного центрального входа возвели ажурные ворота, вблизи которых вырыли большой прямоугольный пруд, а за ним построили обсерваторию ученого.
Весь огромный участок Ломоносова делился на две неравные части. Меньшая примыкала к парадному ансамблю зданий. Бо́льшую же часть участка занимал регулярный парк с крытыми зелеными аллеями, стрижеными деревьями, кустарниками и молодым фруктовым садом.
Великий русский ученый прожил на правом берегу реки Мойки восемь лет. Со своим любимым домом у Михаила Васильевича связаны многие интересные научные исследования и исторические события. Здесь, под сенью своих любимых пенатов, он переживал радостные минуты больших открытий, жизненных удач и горечь от происков давних недругов, приступов слабости от подкрадывающегося к ученому нездоровья. В обустроенной по последнему слову техники тех далеких времен научной обсерватории, расположенной в саду дома, Ломоносов вел собственные регулярные астрономические наблюдения. После зрительной «обсервации» редкого небесного феномена, наступившего 26 мая 1761 года (прохождения Венеры между Солнцем и Землей), Ломоносов впервые в истории мировой науки сформулировал программу наблюдения прохождения Венеры по Солнцу с точки зрения несуществующей еще в те времена науки – астрофизики.
Несмотря на все несовершенства своего оптического инструмента, М. В. Ломоносову удалось в своей домашней обсерватории на Мойке сделать сенсационное мировое открытие, ставшее новым словом в науке, – он впервые обнаружил, что Венера «окружена знатной воздушной атмосферой, таковою, какова обливается около нашего шара Земного».
Сюда, в дом ученого на Мойке, приходили известия об избрании его почетным членом Шведской академии наук, почетным членом Петербургской академии художеств и Болонской академии наук.
Вступившая на российский престол 28 июня 1762 года в результате «петербургского действа» Екатерина II была возмущена одой Ломоносова, преподнесенной в день ее коронации, в которой ученый осмелился давать советы державной императрице:
Тогда Екатерина Алексеевна предпочла не заметить советов Ломоносова, включенные им в оду, но «милости» сыпавшиеся дождем от новой императрицы, ученого совершенно не коснулись. Более того, Екатерина II произвела в статские советники заклятого врага Михаила Васильевича в Академии наук – Тауберта, ставшего чином выше талантливого ученого. 28 января 1762 года новоиспеченный статский советник, не скрывая своего торжества, объявил во всеуслышание, что Ломоносов отстранен от руководства Географическим департаментом Академии. Затем 2 мая 1763 года Екатерина II направила указ Сенату: «Коллежского советника Ломоносова жалуем мы в статские советники и вечною от службы отставкою с половинным по смерть его жалованьем».