Дмитрий Васильевич Волков после унизительного инцидента отметил, что всех, кроме Мельгунова, потрясла очередная выходка Петра Федоровича. Грубое унижение достоинства не смогло поколебать верности Алексея Мельгунова к императору. Он один из немногих оставался при нем до конца его шестимесячного царствования на русском троне. Мельгунов даже пострадал немного, будучи на несколько дней арестованным после свержения своего кумира и благодетеля.
Около двух лет Алексей Петрович находился не у дел и пребывал в положении опального придворного. Говорили, что он даже был несказанно рад предоставленному двухлетнему отпуску в период которого он привел в идеальный порядок свое запущенное хозяйство. За два года А.П. Мельгунов достроил на отведенном ему по указу Петра III «в вечное и потомственное владение» месте на набережной Мойки вблизи Синего моста прекрасное здание – нарядное и изящное, со строгими и умеренными формами раннего классицизма. Историк Санкт-Петербурга Анатолий Андреевич Иванов в своей книге «Дома и люди» (2010 г.) отмечал, что построенный на набережной Мойки дом позднее четко выделялся на известном аксонометрическом плане Сент-Илера.
Часть невольного двухлетнего перерыва в службе Алексей Петрович посвятил инспекции своего поместья и дарственных земель на Украине и попутно познакомился с историей этой исторической местности. Мало того, Мельгунову даже удалось открыть на своих землях около Елизаветграда древнее скифское погребение начала VI в. до н. э. и произвести в 1763 г. археологические раскопки Литого кургана и даже обнаружить ценные исторические раритеты – богатые украшения и оружие в скифо-урартском стиле. В историю археологии Литой курган позже вошел под названием Мельгуновского кургана, названного по фамилии генерала А.П. Мельгунова, раскопавшего его.
По воспоминаниям придворных, новая императрица Екатерина II не отличалась злопамятностью и мстительностью.
Так же, как и адъютант Петра III А.П. Мельгунов, фельдмаршал Б.Х. Миних оставался до последнего часа в свите свергнутого с трона Петра Федоровича. Он был благодарен императору за вызволение его из ссылки и полную реабилитацию с возвращением прежних чинов и наград. В день переворота Миних предложил Петру III бежать морем за границу, а после решительного отказа императора 78-летний генерал-фельдмаршал взялся решительно возглавить отряд верных царю гольштинцев. Но и этот порыв старого солдата тогда запоздал, поскольку почти всех наемники уже убили.
Поэтому после официального низложения Петра III Миниху оставался лишь последний шанс сохранить свою жизнь – присягнуть новой императрице Екатерине II и явиться к ней с повинной.
– Говорят, вы хотели сражаться со мной, фельдмаршал? – спросила его новая императрица.
– Я отдавал жизнь своему избавителю, а теперь его нет, и я полагаю ее к вашим ногам, – скромно ответил старик.
Екатерина на радостях простила Миниха и даже назначила его главнокомандующим над Ладожским каналом и морскими портами.
После беседы с бывшим фаворитом своего мужа Екатерина Алексеевна вновь вернула А.П. Мельгунова к придворной службе, отправив его в 1764 г. в Новороссию выполнять обязанности генерал-губернатора этого региона. Через год Алексей Петрович занимает должность сенатора и президента Камер-коллегии в Москве. Перед отъездом он устраивает прекрасные псовые охоты на приобретенном у С.П. Ягужинского Мишином (позже Елагином) острове. В числе гостей на охоте много раз бывала и императрица Екатерина II, любительница острых ощущений и подобных забав.
Его дом № 74–76 на набережной реки Мойки стал великолепным салоном для высоких гостей. Среди визитеров здесь бывали императрица, И.И. Шувалов, а позже и Г.А. Потемкин. Дружба с «сильными» людьми при Императорском дворе помогла ему оставаться человеком государственным и всегда необходимым. Не все тогда знали и понимали, что Мельгунов в действительности являл собой пример человека, обладающего всеми талантами и достоинствами истинного государственного деятеля на любом поручаемом ему посту. Свои замечательные деловые качества Алексей Петрович с достоинством проявил в качестве Ярославского генерал-губернатора, а затем правителя Ярославским и Вологодским наместничествами.
В 1773 г. генерал А.П. Мельгунов продает особняк на Мойке супруге тайного советника и камергера А.Ю. Нелединского-Мелецкого – потомка польского дворянского рода, осевшего на Руси еще в первый четверти XV столетия и принявшего православие. Один из представителей этого рода, получивший в надел вотчину на реке Нелединке, некто Василий, стал тогда называться Нелединским.
В 1699 г. царь Петр I разрешил его потомкам носить двойную фамилию Нелединских-Мелецких.