Тем не менее, 5 мая все же произошла трагедия. На борту вентилируемой лодки остались рулевой Соткин и машинный машинист Хамченко. Они еще раз получили строгий приказ проявлять повышенную осторожность. В 10.20 к подводникам пришел машинный квартирмейстер с одного из крейсеров. Он хотел перейти на службу к подводникам и ему интересно было узнать все поподробнее. По случайному совпадению он оказался земляком Хамченко, и это решило все. Они спустились в лодку, а через 20 секунд грянул взрыв, наверх смог выскочить только полуживой, полуобгоревший Хамченко. Из люка повалил густой черный дым, и, хотя в порт прибыло все начальство, никто ничего сделать не мог. Вскоре прогремел еще один взрыв, и «Дельфин» медленно погрузился кормой вперед в воду на глубину 14 м. Лодку начали спасать уже на другой день, но при откачке воды взорвались аккумуляторные газы, и такое повторялось пять раз. Причину первичного взрыва так и не выяснили. Вероятнее всего, «провожатый» или чиркнул спичкой, или замкнул рубильник для включения освещения, хотя сам уцелевший категорически отрицал такие варианты.
Сильно поврежденная лодка повторно была введена в строй только 8 октября 1905 г., уже после окончания боевых действий. Случившееся не помешало активной деятельности субмарин. В июне было проведено учение, в ходе которого «противник», гнавшийся за отступающими кораблями, попал на засаду подлодки. С этого же месяца подводники начали регулярно выходить на боевое патрулирование в район островов Русский и Аскольд.
Интенсивность использования лодок нарастала, и они все больше времени проводили в море, но встреч с противником не было. Отсутствие реального результата в виде уничтоженных кораблей и непонимание специфики подводных сил приводили к досадным неприятностям. Так, генерал Линевич послал Николаю II телеграмму, в которой заявил что, несмотря на многочисленную подводную флотилию, она крепости почти никакой пользы принести не может. Для решения этого вопроса Морской министр вынужден был назначить особую комиссию. К концу войны во Владивостоке находилось 13 подводных лодок. Они часто простаивали на ремонте, и количество боеспособных кораблей было, конечно, меньше тринадцати, но, благодаря усилиям экипажей и командиров, как минимум две лодки всегда были готовы выйти в море.
По мнению многих морских специалистов и военно-морских историков, именно подводные лодки спасли Владивосток от прямого нападения эскадры Камимуры, а после Цусимы – и от всей мощи флота адмирала Того. Идея использования подводных лодок получила очень широкое распространение в то время. В Порт-Артуре техник путей сообщения М.П. Налетов первым в мире предложил вооружить подводную лодку минами заграждения.
Первая опытная лодка, построенная им на свои средства и с помощью добровольных помощников, погибла при пробном погружении без экипажа. Налетов начал строить вторую лодку – «Портартурец» в 25 т водоизмещением, вооружаемую двумя торпедами или четырьмя минами заграждения. Налетов провел успешные испытания с погружением на девятиметровую глубину, после чего ему разрешили взять бензиновый мотор с катера броненосца «Пересвет». Ввести в строй подводный заградитель планировали в декабре 1904 г., но из-за сдачи крепости недостроенную лодку взорвали. Позднее предложение Налетова реализовано в минном заградителе «Краб».
Всего в Порт-Артуре насчитывалось 4 субмарины: «Петр Кошка», «Губэ», лодка Джевецкого и «Портартурец». Боевого успеха достичь они не могли из-за очень низкого технического уровня, тем более что все упомянутые лодки относились к экспериментальным типам. Японцы после капитуляции Порт-Артура длительное время разыскивали субмарины, используя различные технические средства, пока не обнаружили все четыре на дне у пустынного берега западного бассейна Порт-Артура.
Необходимо также отметить оригинальный корабль лейтенанта С.А. Яновича, который работал над проектом подлодки изобретателя Колбасьева «Петр Кошка». Помогая ему, Янович разработал интересное решение полупогружающейся лодки малой видимости.