К концу лета на скорую руку обучили экипажи, опробовали транспортеры, и началась отправка подводных кораблей в район боевых действий. Из-за блокады Порт-Артура все лодки везли во Владивосток. Первой 25 августа ушла «Форель», прибывшая на место 29 сентября. Ее командир очень просил выспать торпеды вместе с лодкой. Его заверили, что они будут высланы немедленно, но прибыл боезапас только 29 марта 1905 г Таким образом, на доставку ушло более семи месяцев, и все это время лодки были только «моральным оружием».
Одна за другой субмарины прибывали во Владивосток. Их собирали, испытывали и в очень большом объеме вели ремонт и наладку. К концу декабря 1904 г. там собрались «Форель», «Сом», «Дельфин», «Касатка», «Налим», «Скат» и «Шереметьев».
1 января 1905 г. по приказу командира Владивостокского порта из лодок был сформирован «отдельный отряд миноносцев» и зачислен во Владивостокский отряд крейсеров. Начальником отряда стал командир «Касатки» лейтенант А.В. Плотто. 29 января на крейсере «Громобой» состоялось первое в мире совещание по вопросу боевого использования подводных лодок. Председательствовал начальник отряда крейсеров контр-адмирал Карл Петрович Иессен. Лейтенант Плотто доложил, что полностью готова к походам лодка «Сом», почти готов «Дельфин», остальные войдут в строй к марту. Совещание приняло два варианта использования лодок. По первому две лодки на буксире парохода «Эрика» идут в залив Святой Ольги, куда заранее приходит транспорт «Шипка». При необходимости во льду пробивается канал. Пополнив запасы, лодки на буксире миноносцев следуют к Сангарскому проливу. Там отряд разделяется – миноносцы идут к порту Отару, а лодки на рассвете атакуют порты Хакодате и Аомори. По второму – все боеготовые субмарины идут на буксире миноносцев к корейским берегам, пополняя запасы с приданного парохода. Базируясь на порт Шестакова, лодки должны были вести операции против судоходства в Корейском проливе. Первый план приводился в действие по получении торпед лодкой «Сом», второй – по готовности всех лодок.
Подготовка масштабных операций наступательного характера была смелым и решительным шагом, но не соответствовала уровню подготовки экипажей и техническому состоянию подлодок того времени. По этим причинам оба плана и не претворены в жизнь. Никто реально не представлял, на что способны лодки и как они должна действовать. Командир «Сома» лейтенант князь В.В. Трубецкой писал, что по существу лодками никто не руководил, а инициативу командиров подавляли.
Командующий вице-адмирал Н.И. Скрыдлов не скрывал, что является противником использования подводных лодок. Тех же взглядов придерживался сменивший его вице-адмирал А.А. Бирилев. Скрыдлов, посетив одну из лодок, на сообщение, что работы еще не закончены, отчеканил: «Предлагаю вам завтра же выйти в море, а больше никаких объяснений от вас принимать не желаю». 9 февраля 1905 г. японский отряд из крейсера и большого числа миноносцев показался в районе Владивостока. Комендант крепости приказал всем лодкам немедленно выйти в море и атаковать неприятеля. В этом еще раз сказалось непонимание возможностей субмарин того времени, которые к тому же вообще не имели торпед.