Татарское нашествие отозвалось и в Пруссии, где, воспользовавшись уходом рыцарей, местное население восстало при поддержке князя восточной Померании (Померелии) Святополка. Множество крепостей ордена попало в руки пруссов, которые их разрушили, перед этим истребив всех защитников; только Торн, Эльбинг, Реден и Кульм еще оставались в руках тевтонцев. Множество имений было разграблено, их германские владельцы погибли в тяжких муках, тогда как местное население возвратилось к своим прежним языческим верованиям. Папа, как водится, призвал к крестовому походу против Померелии. Магистр ордена Дитрих фон Бернхейм во главе тевтонских рыцарей вместе с польскими князьями захватил померанскую крепость Сартовитзи (Зартавитза), затем крепость Накела. Святополк предпочел пойти на переговоры и запросил мира в 1242 г.: он обязался оставаться верным ордену и уступил крепость Сартовитзи. Эта передышка позволила тевтонцам вновь овладеть Пруссией «огнем и мечем». Два года спустя Святополк возобновил войну и при поддержке пруссов вторгся во владения ордена в Пруссии. Победы и поражения следовали одна за другой в течение почти четырех лет. В очередной раз в Германии призвали к крестовому походу, что вынудило Святополка предложить мир при посредничестве папского легата Жака де Кур-Палье — будущего папы Урбана IV. Князь Померелии торжественно поклялся 24 ноября 1248 г. отказаться от любого союза «с прусскими идолопоклонниками».
Этот договор был дополнен договором в Христбурге 7 февраля 1249 г., заключенным с прусскими правителями, где решался вопрос о правах и обязанностях народов, покоренных орденом, при условии, конечно, что они обратятся в христианство. Орден этим договором признавал за местным населением личные свободы при условии, что они останутся верными своей новой вере — христианству; они получали право приобретать земли и продавать их, передавать по наследству, правда, только прямым наследникам. При отсутствии таковых их имущество переходило ордену. Обращенное местное население пользовалось правовой защитой, имело право заключать таинство брака, становиться христианскими священниками и даже вступать в Тевтонский орден, если они были выходцами из местных землевладельцев. Все должны были в обязательном порядке отказаться от старых языческих обычаев (полигамия, кремация усопших, человеческие жертвоприношения, идолопоклонничество), строго соблюдать религиозные праздники и крестить новорожденных. Они также были обязаны платить ордену десятину, честно ему служить и не уклоняться от воинской повинности.
В доказательство искренности своего обращения в христианство они должны были построить за свой счет тринадцать церквей в Помезании, шесть в Варнии, три в Натангии — все в трехгодичный срок. Обращенные пруссы подчиняются магдебургкому и польскому праву, за исключением судопроизводства и других решений по вопросам, не относящимся к законам Божьим и церковным. Наконец, те, кто до сих пор не приняли крещения, должны это сделать в ближайшее время, в противном случае они подлежат выселению, а их имущество конфискации.
Этот договор однозначно доказывает явный интерес, который Тевтонский орден проявлял к христианизации покоренных народов. Но еще до заключения договора были предприняты меры, через посредничество легата Вильгельма Моденского, направленные на организацию будущей прусской Церкви. Булла от 28 (или 29) июля 1243 г., составленная легатом и утвержденная папой Иннокентием IV, делила Пруссию на четыре епископства: Кульмское, Помезанское и Вармское, четвертое должно было быть создано на землях, которые еще надлежало завоевать. Каждое епископство делилось между епископом и Тевтонским орденом так, чтобы епископу досталась в личную собственность треть территории, по его выбору, но распространял он свое влияние на всю территорию. Защита же территории полностью лежала на ордене, в исключительных случаях епископы должны были принимать активное участие в ее защите. Для контроля над прусской Церковью епископ Риги, которому уже подчинились Ливония и Эстония, распространил свои полномочия и на Пруссию. В булле упоминалось, что Пруссия принадлежит Престолу Святого Петра и что Церковь передала ее ордену вместе с правами и доходами. В 1245 г. документ, изданный Фридрихом II» подтвердил право Тевтонского ордена на владение Ливонией, Курляндией и Хиромантией.