Объединение в одной епархии прусских, ливонских и эстонских земель подтвердило, что, помимо Пруссии, тевтонские рыцари начиная с 1237 г. распространили свою сферу деятельности на Прибалтику. Объединенный орден тевтонцев и меченосцев стремился восстановить свою власть в Ливонии. Однако этот регион находился под вечной угрозой набегов извне. На севере русские добивались выхода к Балтийскому морю и столкнулись с тевтонцами. 5 апреля 1242 г. Александр Невский, новгородский князь, разгромил тевтонцев на Чудском озере, но победа его не имела последствий. Другой угрозой для Ливонии была и осталась Литва, все еще языческая страна, вопреки всем попыткам, предпринимаемым Ригой для ее обращения в христианство. Литовцы всегда были готовы подбивать ливов на бунт. Против литовцев тевтонские рыцари использовали доказавший свою эффективность в Пруссии метод строительства крепостей на границах с вражескими территориями. Так был построен Мемельбург напротив северного конца Куршской косы, на границе Пруссии с территорией жемайтской Литвы. Место было выбрано весьма удачно, так как позволяло контролировать береговую линию, обеспечивающую территориальную целостность Ливонии и Пруссии. У подножья крепости раскинулся город Мемель, который заселили колонисты из северной Германии.
Перед неослабевающей угрозой со стороны литовцев в Риме стали задумываться об организации нового крестового похода. Получив подобное известие, великий князь Литовский Миндовг проявил осторожность и согласился принять крещение в 1251 г. Через год в своем замке Варуте он получил из рук епископа Кульма, стоящего в окружении тевтонских рыцарей, княжескую корону. Отныне Миндовг становился правителем государства, официально признанного членом христианского сообщества. Итак, Литва становилась протекторатом Тевтонского ордена
Несмотря на внешнюю доброжелательность Миндовга, Тевтонский орден не терял бдительности, и из соображений безопасности великий магистр ордена Поппон фон Остерна, бывший великий магистр командорства Пруссии, прекрасно знающий страну, серьезно призадумался над тем, как контролировать все прусские земли, расположенные рядом с Литвой и еще независимыми Самбией, Надровией и Скаловией. Доминиканцы по всей Священной империи призывали к новому крестовому походу, что позволило собрать почти шестьдесят тысяч человек, которые присоединились к тевтонским рыцарям. Командование взяли на себя король Богемии Оттокар II, его шурин Оттон III Бранденбургский и молодой Рудольф Габсбург — будущий император — многочисленные сеньоры прибыли из Саксонии, Тюрингии, Ренании, Богемии и Моравии. Во время кампании 1254-1255 гг. крестоносцы добились значительных успехов. Самбия была разграблена, язычество уничтожено. Самбийские правители покорились и дали согласие на обращение в христианство лично и своих подданных. А на холме, на котором шумел священный лес, крестоносцы заложили город, названный впоследствии «Королевская гора», — Кенигсберг — в честь короля Богемии. Самбийский правитель Треско, желающий доказать свою преданность ордену, уступил ему свой замок Вехло.
Однако Надровия и Скаловия продолжали сопротивляться, ордену пришлось прервать военные операции в этом районе в 1259 г. в связи с тем, что вспыхнула война с литовцами. Жемайты и земгалы восстали 13 июля и нанесли тевтонским рыцарям ощутимое поражение в битве при Дурбене. Среди ста пятидесяти рыцарей, погибших в бою, были великий магистр Ливонии и прусский маршал. Повсюду в Литве стали преследовать христиан, язычество расцвело с новой силой. По всей вероятности, дело не обошлось без участия Миндовга, хотя официально он якобы присоединился к восстанию только в 1261 г.
Перед лицом всеобщего восстания в Ливонии и Литве папа Александр IV призвал к новому крестовому походу, но восстание ширилось. Пруссы, в свою очередь, присоединились к восстанию, разрушали церкви и разоряли хозяйства немецких колонистов. Что до пленных — их убивали после жестоких пыток. Молодые прусские дворяне, возведенные в дворянское достоинство тевтонскими рыцарями, возглавили восстание, которое распространилось по всей земле прусской, кроме Кульмерланда и Помезании, где немецкая колонизация была в то время достаточно прочной и стабильной. Именно это восстание пруссов и побудило Миндовга открыто порвать с Тевтонским орденом. До сих пор он тайно поддерживал восстания литовцев и пруссов. Во главе объединенных сил литовцев и жемайтов Миндовг вторгся в Мазовию и нанес серьезное поражение тевтонским рыцарям в Пуркависте в январе 1261 г., в то время как пруссы осадили Кенингсберг, Кресбург, Бартенштейн, Хельсберг и другие опорные пункты тевтонцев в Вармии. Подкрепление, прибывшее из Германии, позволило исправить положение в начале 1262 г., однако на севере и северо-востоке Пруссии тевтонские рыцари оказались заблокированными в своих крепостях.