Эти подвиги тем не менее не смогли вернуть Тевтонскому ордену его былую славу и власть. Тевтонские рыцари уже не имели прежнего влияния как на дипломатическом поприще, так и в армии. Никто не стеснялся в высших кругах указывать Тевтонскому ордену на его слабость. Это новое оскорбление добавилось к веренице уже нанесенных оскорблений. В 1695 г. император Леопольд I официально закрепил за курфюрстом Фридрихом III Брандебургским звание герцога Пруссии, что спровоцировало возмущение и протесты магистра Франца-Людвига фон Пфальц-Нейбурга (1694-1732). Орден требовал вернуть потерянную им Пруссию. Император тайным договором от 16 ноября 1700 г. признал Фридриха III королем Пруссии. Надо сказать, что в этот момент Австрийский дом нуждался в союзниках, поскольку начиналась война за испанское наследство. 18 января 1701 г. в соборе Кенигсберга герцог Фридрих III Прусский водрузил на себя королевскую корону и стал Фридрихом I, королем Пруссии.
Магистр направил императору и курфюрстам протест, подписанный всеми членами капитула. Император ответил, ссылаясь на прерогативы государства, напоминанием, что он сохранил ордену его права и привилегии. Папа Климент XI осудил в послании императору от 14 мая 1701 г. коронование Фридриха королем Пруссии, на которую у Тевтонского ордена были исконные права. Папское осуждение не возымело эффекта, как и протест великого магистра. Папство отказалось смириться со свершившимся фактом и игнорировало вплоть до 1787 г. узурпацию трона Бранденбургими принцами.
В XVIII столетии упадок Тевтонского ордена ускорился. Почти все магистры принадлежали к Австрийскому дому, несмотря на то что Мариенталь остался формально их официальной резиденцией, чаще всего находились в Вене. Для многих членов высшего дворянства империи принадлежность к Тевтонскому ордену и исполнение высоких должностей в его рядах стало не более чем одним из элементов их
Рыцарство в Европе стало анахронизмом; идеалы христианского мира ставились под вопрос лютеранской, затем кальвинистской Реформами, общественными, политическими, религиозными волнениями, которые они спровоцировали. Что оставалось рыцарям, может, искать славы, за неимением собственного государства?
В XVIII столетии тевтонские рыцари, точнее, братья-рыцари, ибо братьев-священников, исполнявших свою религиозную миссию в приходах, расположенных на землях ордена или посвятивших себя уходу за больными и нищими, становилось все меньше, все чаще они включались в мирскую жизнь; они брались за оружие только тогда, когда это было необходимо, и не для того, чтобы служить ордену, но по просьбе тех, кто использовал орден в своих политических интересах. Несмотря на затруднения и ограниченное пространство сферы деятельности, Тевтонский орден пытался выжить.
В век Просвещения братья-рыцари, а порою и некоторые высокопоставленные чины ордена контактировали с различными тайными обществами, которые расцветали почти всюду в Центральной Европе, с масонскими ложами, тогда всемогущими. Магистр Карл Лотарингский — младший брат герцога Франца, который в 1736 г. женился на императрице Марии-Терезии — и его преемник и племянник Максимилиан, принц-курфюрст Кельна и тевтонский магистр до 1801 г., были в прекрасных отношениях с масонскими ложами. Магистр Максимилиан, меценат, покровитель искусств и литературы, покровительствовал Гайдну, Моцарту и Бетховену. Известно, что Карл Лотарингский и Максимилиан были магистрами тайного общества, Приората Сиона, первый с 1766 по 1780 г., второй в течение всего срока своего магистерства в Тевтонском ордене.