Смерть Максимилиана поставила эрцгерцога Карла (1619-1624) во главе ордена. Умирая, Максимилиан завещал ордену двести тысяч золотых флоринов, которые были использованы для покупки города Фреденталя в австрийской Силезии. В то время как Карл Габсбург стал великим магистром, германский мир и вся Европа погрузились в серьезный политический и религиозный кризис, известный как Тридцатилетняя война (1618-1648), то была «сущая катастрофа для империи и для немецкого мира», которая стала следствием серьезного религиозного раскола, спровоцированного лютеранской реформой. В немецком мире разразилась настоящая гражданская война, противопоставляющая императора и католических принцев протестантским принцам, поддержанных частью католических принцев. Надо отметить, что те и другие смело заключали союзы с иностранцами (Швеция, Дания, Франция, Испания и т. д.). Тевтонские рыцари разрывались между верностью императору и вынужденной верностью принцу, на территории которого они размещались. Не редкими были случаи, когда во время кровопролитной войны тевтонские рыцари, воюющие под командованием различных военачальников, оказывались в разных противоборствующих лагерях. Для Тевтонского ордена, помимо духовного раскола, который спровоцировала эта война, человеческие потери в личном составе были значительными по отношению к уже резко сократившейся численности, имущество ордена тоже пострадало от превратностей войны, которая велась с помощью иностранных наемников. Именно шведское вмешательство причинило наибольший ущерб имуществу ордена; в 1631 г. шведские войска заняли Франконию и разграбили города Гейльброн и Мариенталь. Протестантские принцы воспользовались ситуацией, чтобы захватить имущество ордена, которое оказалось в государствах, ими завоеванных.
Во время Тридцатилетней войны магистры ордена отошли от Австрийского дома, вовлеченного в конфликт. Великим магистром был Иоганн фон Вестернах (1625-1627), затем Иоганн Каспар фон Штадион (1627-1641), великий командор Эльзаса и Бургундии.
Тевтонский орден вышел ослабленным из Тридцатилетней войны. Вестфальский мир 1648 г. предусматривал восстановление всего религиозного или светского имущества тех, кто им владел до 1618 г. Благодаря императорской поддержке орден возвратил, правда не без труда, имущество, которого лишился во время войны. Отныне тевтонские рыцари служили императору во всех кампаниях против турок на венгерском фронте. Минули те времена, когда тевтонские рыцари вели за собой христиан против врагов веры; тевтонские рыцари стали теперь всего лишь вспомогательным отрядом, армией под командованием светских принцев. Они принимали участие в кампании 1664 г., где магистр Иоганн Каспар фон Ампринген (1664-1684) стоял во главе контингента, привлеченного орденом, который отличился во время Сен-Готардского сражения в августе 1664 г.
Тевтонские рыцари были в Кандии в 1667 г. и поддержали эту венецианскую крепость, осажденную оттоманскими войсками. Магистр, учитывая его роль в кампании 1664 г. и опыт в венгерской войне, был назначен в 1673 г. императором Леопольдом I главой Совета правительства Венгрии
Позже тевтонские рыцари приняли участие, в составе императорской армии, в освобождении Венгрии. Магистр Людвиг-Антон фон Пфальц-Нейбург (1684— 1694), который в сентябре 1683 г., будучи начальником штаба в армии герцога Лотарингии, принял участие в освобождении Вены, отличился в освобождении Буды 2 сентября 1686 г. Под командованием принца Евгения Савойского тевтонский магистр возглавил атакующих, которые захватили город. Пуля, выпущенная турком, расплющилась о нагрудный крест магистра, и этот крест спас ему жизнь. Другие высокопоставленные лица, так же как и многочисленные рыцари, достойно защищали честь ордена и участвовали во всех крупных сражениях, в частности в битве при Зенте 11 сентября 1697 г., которая положила конец турецкому нашествию в Венгрии.