В свою бытность Фильхнеру не хватало средств, выручаемых от публикаций и чтения лекций, для того, чтобы организовывать зарубежные поездки. В своей автобиографии, которая была опубликована в 1950 году, немецкий геофизик утверждал, что с подачи рейхспрезидента Гинденбурга в 1929 году был создан «Фонд Фильхнера», куда глава германского государства лично внес 100 тысяч рейхсмарок. Так у Фильхнера вновь появились возможности совершать экспедиции за рубеж. В итоге в 1938 году, фактически не рассчитывая на помощь национал-социалистов, ученый привез из Азии богатый материал. Он был передан в институт геофизики, который существовал при университете Потсдама. Там преподавал ученик Фильхнера Герхардт Фанзелау. На этом сюжете не стоило останавливаться, если бы картина, изложенная в автобиографии, соответствовала действительности. Но на самом деле идею создания фонда впервые высказал Ганс Генрих Ламмерс, который с 1933 года являлся главой имперской канцелярии и был одним из влиятельных политиков Третьего рейха. В 1937 году он был возведен в ранг имперского министра. Именно он возглавил попечительский совет «Фонда Фильхнера». В архивах имперской канцелярии сохранился документ, который однозначно говорит о том, что именно Ламмерс сыграл ключевую роль при создании фонда, который был образован в самом начале 1939года, накануне последнего путешествия Фильхнера. Разница почти в 10 лет в указаниях ученого и сведениях в документах указывает на то, что после войны Фильхнер всеми силами пытался утаить, что национал-социалисты имели прямое отношение к созданию фонда его имени.
Итак, «Фонд Вильгельма Фильхнера» был официально основан 11 мая 1939 года. При его учреждении присутствовали имперский министр Ламмерс как представитель государственной власти, министерский советник Хунке как представитель рекламного совета немецкой экономики, и директор ИГ-Фабрен Макс Ильгнер. Еще в 1938 году Фильхнер обратился с просьбой к ИГ-Фарбен и «Немецкому земельному банку» помочь в финансировании его экспедиции в Тибет. Создание фонда значительно облегчало сбор средств для этих целей. Первым председателем фонда стал генеральный консул в Шанхае Крибель. Тот самый, к которому за помощью в 1936 году обратился Эрнст Шефер. Для понимания дальнейших событий надо упомянуть, что весной 1939 года махараджа Непала пригласил Фильхнера к себе в гости, чтобы тот мог заняться геомагнитными изысканиями в его стране. Непал и в то время оставался государством, закрытым для иностранцев, так как был буферной зоной между неспокойным Китаем и британской Индией. Формально махараджа был сувереном, хотя и подчинялся британцам. Именно по этой причине Фильхнер даже после начала Второй мировой войны мог спокойно продолжать свои работы в Непале. Однако у него стали отказывать почки, и он был вынужден сдаться британцам, чтобы пройти курс лечения. Так он оказался в лагере в Бомбее. Как видим, Фильхнер не мог самостоятельно руководить фондом и его активами. В итоге деятельность фонда стала затухать и вовсе прекратилась. Это стало прекрасным поводом, чтобы целый ряд ученых, в том числе Эрнст Шефер, попытались воспользоваться средствами данной организации.