Ламмерс сообщил Гремеру об ответе, но тот посчитал, что это была не любезность имперской канцелярии, а открытое ущемление интересов фонда. По этой причине в июне 1942 года он предпочел встретиться в имперской канцелярии с Штуттер-хаймом. В ходе этой встречи Гремер заявил, что подобные действия являются «полным неуважением клйчности Фильхнера». В итоге Штуттерхайм предложил компромиссное решение, которое было предложено Максом Ильгнером после встречи в Шефером. Он предложил основать «Германский институт исследования Центральной Азии», которым бы руководил Шефер, обязанный тесно сотрудничать с «Фондом Фильхнера». При этом сам бы Гремер занимал в институте должность начальника отдела. При этом у Шефера не было бы полноты власти. Свой президентский пост он делил бы с почетным президентом института Свеном Хедином. Но Гремер отверг этот план — он понимал, что затерялся бы на фоне таких выдающихся научных мужей. Не менее негативную реакцию высказал и ученик Фильхнера Фанзелау. Но он мыслил свою карьеру в рамках традиционных научных учреждений, а потому едва ли мог понять серьезность положения, в которое он попадал, противясь возникновению нового института, патронируемого СС. В дальнейшем разговоре Штуттерхайм рекомендовал Гремеру все-таки пойти на компромисс. Он недвусмысленно намекнул, что противиться любимцу Гиммлера было не самым безопасным занятием. А потому новую форму сотрудничества с Шефером надо было найти в форме общего рабочего комитета, что могло позволить не «переносить» Имперский институт в Мюнхен. Да и сам институт не должен был быть Имперским. Смысл этого предложения был предельно простым. Новая форма научных заведений, практикуемая национал-социалистами — «имперские институты», пользовалась по сравнению с классическими университетами большими привилегиями. Они финансировались за счет государства. Ламмерс не был заинтересован в возникновении еще одного подобного института. В итоге Гремер стал тесно сотрудничать с Штуттерхаймом, который весьма неодобрительно относился к появлению в Германии Свена Хедина.
Штуттерхайм предложил, чтобы Ламмерс с Гиммлером встретились с глазу на глаз и обсудили все насущные проблемы. Два дня спустя после беседы с Гремером эта встреча состоялась. Судя по всему, решение было найдено без проблем. Гиммлер согласился с предложением отказаться от приставки «имперский» в наименовании будущего мюнхенского института.
Но в начале июля 1942 года данное сотрудничество дало трещину. Шефер сам подлил масла в огонь, когда направил Ламмерсу письмо, в котором сообщал, что планы геофизика Фильхнера никак не вписывались в сферу деятельности нового института. Но это было отнюдь не оскорбление. Более того, Шефер хотел заручиться поддержкой Ламмерса. Он перечислил в своем письме 13 отделов, которые должны были существовать в институте Центральной Азии. Шефер хотел ввести некие новшества, которые, по его мнению, должны были в перспективе стать определяющими для национал-социалистической науки. В его «имперском институте» должны были быть устранены четкие границы между различными научными дисциплинами. В письме Шефер сформулировал эту мысль следующим образом: «Задача института состоит в том, чтобы выйти за рамки работ Фильхнера и Хедина. Должна появиться всеобщность исследований, чего еще никогда не было в нашей германской науке. Пожалуй, подобные попытки можно было обнаружить у великого Александра фон Гумбольдта, но 100 лет назад научные дисциплины были не настолько развиты, как сейчас». В данной ситуации 32-летний Шефер планировал выступить как реформатор германской науки. Он осознанно противопоставлял себя Фильхнеру и Хедину, как представителям науки прошлого века, которые во многом были связаны только с одной научной дисциплиной. Узкопрофессиональные исследования, по его мнению, оставляли за бортом много интересного материала. К тому же Шефер полагал, что в годы войны наука должна была быть предельно рационализирована.
В данной ситуации бросается в глаза, что дела по созданию института постепенно переходили от Штутгерхайма к Шеферу. После написания данного письма Шефер был приглашен в имперскую канцелярию, чтобы 13 июля 1942 года с ним был проведен целый ряд консультаций. С ним намеревались договориться о том, что в Мюнхене должен был возникнуть Институт научных исследований Центральной Азии, который бы не обладал привилегиями имперского института. До этого Шефер встретился с Гремером и поинтересовался, мог ли он рассчитывать на средства Ламмерса, если Баварское министерство по делам религии и образования откажется финансировать новый институт. Он уже столкнулся с ситуацией, когда ему запретили перекрестное финансирование при создании азиатской библиотеки. Поэтому Шеферу были нужны гарантий.