30 октября 1942 года Шефер начал переговоры с представителями Имперского министерства сельского хозяйства, Берлин — ского общества кайзера Вильгельма и располагавшегося в Тут-тенхофе нового института. Именно в тот день в разговоре тет-а-тет со статс-секретаремБаке Шеферу намекнули, что тот должен отказаться от идеи собственного института, но готовиться создать в «Наследии предков» исследовательский отдел диких растительных культур. Опять же акцент в предстоящем исследовании делался на восточные регионы. На это раз это была не Азия и Восточная Европа, это был Кавказ.
Как на практике должно было осуществляться запланированное сотрудничество всех этих структур с «Аненербе», остается непонятным. Возникает впечатление, что оно было весьма ограниченным. Шефер без каких-либо конфликтов предоставил в Туттенхоф образцы собранных им зерновых культур, а затем фактически не встречался с Веттштейном, равно как и почти не поддерживал контактов с Министерством сельского хозяйства. А может быть, Шефер рассматривал деятельность института в Туттенхофе лишь как временное явление. Действительно, в последних числах ноября 1942 года Главное управление СС объявило, что рейхсфюрер СС совместно с Берлинским обществом кайзера Вильгельма планирует создать «чрезвычайно важный для всей германской экономики Институт злаковой селекции. Но и на этот раз заведовать им стал не Шефер.
Руководителем его стал ботаник Брюхер. Не исключено, что это был некий жест доброй воли со стороны Гкммлера. Дело в том, что, несмотря на все старания Веттштейна, Брюхнеру никак не удавалось выправить «бронь». Участие в военно-стратегическом проекте автоматически освобождало его от призыва на фронт.
В конце января 1943 гада Эрнст Шефер встречался с отдельными служащими Министерства сельского хозяйства, чтобы поддержать хотя бы формально предписанное ему сотрудничество. Одновременно с этим поставил в известность берлинское правительственное учреждение о том, что Гиммлер по договоренности с начальником Главного хозяйственно-экономического управления СС обергруппенфюрером Освальдом Полем решил разместить Институт диких растительных культур в замке Ланнах близ Граца. Вероятно, было расположение Ланнаха в гористой местности для самого Шефера было более привлекательным, нежели в Туттенхоф е. О разработках в данном замке почти ничего не известно. Филиал отдела «Аненербе», возглавляемого Шефером, в Ланнахе был запланирован исследователем еще в 1939 году, но в жизнь этот план воплотился лишь в 1943 году. Шефер, не задумываясь, пошел на разрыв отношений со структурой в Тутгенхофе, так как стремился к максимально возможной независимости в своих действиях. По сути, филиал в Ланнахе стал еще одним отделом «Наследия предков», который имел военно-стратегическое значение. Хоть Шефер и не был селекционером, но эта структура нуждалась в его авторитете и репутации весьма активного, энергичного исследователя. Именно этот филиал «Аненербе» позволил Шеферу самостоятельно вести подготовку к поездке на Кавказ. Именно тогда он сосредотачивается на подготовке так называемой «Зондеркоманды К».
Еще во время своей второй азиатской экспедиции Эрнст Шефер очень внимательно изучал живущих на воле лошадей. После начала агрессии против Советского Союза Шеферу представилась возможность попробовать себя в роли зоолога-селекционера, которому надо было вывести новую породу лошадей, не восприимчивых к суровым российским зимам. По этому вопросу сохранилось не так уж много материалов. Большинство из них вышло из стен эсэсовских структур, прежде всего созданного при «Аненэрбе» «Института военно-научных целевых исследований». Некоторые документы были адресованы Главному хозяйственно-экономическому управлению СС, которым командовал уже упоминавшийся нами Освальд Поль. Одновременно с этим Эрнст Шефер поддерживал контакты с Рудольфом Брандтом, который помогал ему подбирать необходимых ученых и специалистов.
Опыты по селекции лошадей предпринимались, по крайней мере, в 1942–1943 годах. При этом Шефер делал ставку на монгольских лошадей и лошадей Пржевальского. К сожалению, в архивах отсутствуют документы, которые позволили бы детально проследить весь этот процесс, как с содержательной, так и с организационной точки зрения. Разумеется, и этот проект, курируемый Шефером, получил статус «военно-стратегического». Выведение новой породы лошадей было очень важным для дальнейшего ведения войны.