После консультации с Гиммлером Шеферу почти во всех случаях приходилось отказываться от всех этих предложений. Это больно ударяло по самолюбию ученого. Так, например, Брюссельское энциклопедическое общество пригласило весной 1940 года Шефера сделать доклад о прошедшей экспедиции и запланированных на будущее исследованиях. Шефер, как начальник одного из отделов «Аненэрбе», согласно распоряжению Брандта должен был тут же проинформировать рейхсфюрера СС о поступившем предложении. Несмотря на то что официально не было запрета на чтение докладов за рубежом, Гиммлер попросил исследователя сказаться больным и вежливо отказаться от приглашения. В итоге Рудольф Брандт должен был передать в Брюссель следующую информацию: «К великому сожалению, в настоящее время д-р Шефер страдает тяжелой болезнью глаз, для лечения которой он направлен в мюнхенскую клинику Поданной причине подготовка доклада временно не является возможной». Для пущей правдоподобности Шефер должен был найти какое-нибудь глазное заболевание, которое было широко распространено на Востоке. Даже в этой ситуации Гиммлер хотел, чтобы все выглядело как можно правдоподобнее. В итоге, к великому сожалению Шефера, широкая публика так и не узнала о сути его исследований. Стремление Гиммлера сохранить тайну было настолько огромным, что он принуждал Шефера врать и изворачиваться. Возможно, в подобные моменты Шефер сожалел, что находился под патронажем рейхсфюрера СС.
Несмотря на строжайший запрет сообщать хоть какие-либо сведения о готовящемся документальном фильме, весной 1940 года произошла «утечка». В одной из гамбургских газет появилась заметка, в которой сообщалось, что на студии «То-бис фильмкунст» монтируется фильм, посвященный тибетской экспедиции СС под руководством Эрнста Шефера. Гиммлер был разъярен. 12 марта 1940 года он писал Шеферу: «Из какой-то газетной заметки я получаю информацию о фильме, который экспедиция снимала на Тибете. Я прошу Вас еще раз — предельно точно выполняйте мои приказания. О готовящемся фильме, посвященном Вашей экспедиции, ни слова не должно попасть в газеты. Я не хочу, чтобы из-за подобных глупостей сорвалось Ваше задание». Напомню, что тогда готовилась военная операция в Тибете. Гиммлер вообще любил делать недвусмысленные намеки, что в случае невыполнения его приказов можно было расстаться с жизнью. Сохранение в тайне монтирования фильма было только одной из мер предосторожности, которые должны были засекретить работу экспедиционного корпуса и уберечь ее от британских контрмер.
Но в данной ситуации Шефер отказывался брать на себя ответственность за утечку информации. После этого Гиммлер запретил Тобису дальнейшее производство фильма: он опасался, что утечка информации могла продолжиться. Впрочем, Шефер позже признался, что говорил «в очень узком кругу людей» о предстоящем окончании работ по монтированию киноленты. Но, разумеется, подчеркивал Шефер, пресса ничего не могла узнать об этом. Тем не менее рейхсфюрер СС считал, что во всем был виноват именно Шефер. Он должен был дать слово, что в будущем подобные инциденты не должны были повториться. Личное вмешательство рейхсфюрера СС освободило Тобиса от необходимости искать источник утечки информации у себя в фирме. Но на всякий случай Рудольф Брандт направил в берлинскую фирму уведомление, что информация о тибетском фильме была секретной, а потому Тобис был ответственен за соблюдение мер предосторожности. В ответ Тобис не выдержал и прояснил ситуацию. Информация в газету попала после одного из докладов, который Шефер делал в Гамбурге. Шеферу был сделан строгий выговор.
В июне 1940 года Шефер направил Брандту первый отчет о деятельности возглавляемого им отдела «Аненэрбе». Это было большое, многостраничное письмо. В нем Шефер подробно описывал все работы, шедшие над фильмом, а также принципы взаимодействия его отдела с Тобисом. По его словам, на тот момент в фильме отсутствовал только синхронный звук и музыкальный фон (так называемая подложка). В целом из представленного материала получался полнометражный научно-популярный фильм. Он не без чувства гордости приводил слова Тобиса, что это был «не просто хороший фильм, а достижение, лучшая немецкая лента, посвященная экспедиции». Шефер желал произвести впечатление на Генриха Гиммлера, когда в своем отчете сообщал, что лента будет готова к показу уже в октябре 1940 года. Для начала ее проката требовалось только разрешение рейхсфюрера СС. Он также подчеркивал, что было бы неплохо подготовить специальную пропагандистскую статью, посвященную тибетскому фильму.