Другие принцы, которые также были знакомы с задачами на востоке империи, завидовали успехам Искандера; как говорят, они были несогласны с самовольными наступлениями. Тимур категорически запретил завоевание всего Моголистана, которое планировал Искандер. Поэтому Искандер отступил на юг и захватил Хотан, который до сих пор подчинялся Китаю. Искандер, разумеется, хвастал своими победами; он послал Тимуру в Сирию подарок из девяти предметов, «(девочек) с фигурами фей из Хотана и Алма-Аты; стройных, как пиния, (юношей) из Киргизии и Бешбулака». Это, возможно, тем более рассердило его соперников. Они велели доставить его из Андижана в Самарканд, обвинили его в непослушании и заковали в кандалы. Его атабек — Искандеру было только пятнадцать лет — и другие эмиры из окружения принца поплатились головой. Эти события относятся к весне 1400 года12.
В те месяцы Тимур посвятил себя войне за веру против грузин; как говорят, из благодарности Богу, который уничтожил китайского «хана свиней», палача мусульман13. Затем Тимур вторгся в Сирию. Во время этого похода его настигла весть о мало радующих раздорах среди принцев в Самарканде. Он откомандировал одного из своих эмиров, Аллахдада, на восток и поручил ему урегулировать обстановку в области, пограничной с Моголистаном. Зимой 1401-1402 года Тимур расположился лагерем со своим войском в Карабахе. Своего внука Мухаммеда Султана, который вместе со старым боевым товарищем эмиром Саиф-ад-дином нес ответственность за начавшуюся в 1397 году подготовку к походу на восток и был движущей силой в интригах против Искандера, он назначил ответственным за донесения. Саиф-ад-дин умер во время путешествия, но Мухаммед Султан встретился со своим дедушкой еще в зимнем лагере; закованного в кандалы Искандера он привел с собой. Тимур поступил мягко и милостиво с юношей, который, может быть, был немного слишком неосмотрительным, подарил ему свободу и приказал, чтобы в будущем он участвовал в кампании вместе с остальными принцами. Для Мухаммеда Султана, однако, Тимур строил большие планы; для него он предназначил «трон Хулагу», которого Мираншах оказался недостойным14.
Аллахдад был одним из самых близких доверенных Тимура; он назывался братом эмира Саиф-ад-дина15. Источники упоминают его в первый раз в связи с пятилетней кампанией, а именно во время осады Мардина, которая относится к зиме 1393-94 года16. Часто его имя всплывает в сообщении о походе в Индию; он якобы был полководцем элитных частей Тимура17. В хронике Шами он затем еще раз мимоходом упоминается при перестрелках под Дамаском18. С другой стороны, узнаем, что после завершения похода в Сирию ему поручили, очевидно, чрезвычайно трудную задачу. В середине лета 1401 года Тимур опустошил Багдад, чтобы в назревающем конфликте с Баязидом оставить себе путь к отступлению. Теперь он уже к началу семилетней кампании откомандировал одного из своих внуков Руста-ма Умар-шейха в Фарс; оттуда он вместе со своим братом Пир Мухаммедом должен был умиротворить Луристан.
Сотрудничество обоих сыновей Умар-шейха, однако, продолжалось недолго. Пир Мухаммед, которого подозревали и без того в нелояльности к «господину счастливых обстоятельств»19, видимо, подозревал, что война против луров только предлог, чтобы захватить его при первом удобном случае; он отговаривался заболеванием, чтобы избежать участия в совместном походе. Но и Рустам скоро перестал беспокоиться о собственном поручении. Он действовал на свой страх и риск, но с посредственным успехом в Хузистане и в нижнем течении Тигра. Этим воспользовался между тем выздоровевший Пир Мухаммед, чтобы торжественно вступить в качестве эмира в Шираз. Однако там его больше не желали видеть; несколько придворных арестовали его и сообщили Тимуру, что Пир Мухаммед планировал государственную измену.