Личность профессора А. П. Щапова также вызывала пристальный интерес обоих оппонентов, тем более что вскоре его имя стало известно всей России. Щапов все более сближался с либерально-демократическими кругами. С 1860 г. он, оставаясь в звании бакалавра Духовной академии, одновременно читает лекции в Казанском университете, пользующиеся успехом у молодой аудитории. В апреле 1861 г. студенты Казанской духовной академии и Казанского университета организовали демонстративную панихиду по убитым при усмирении крестьянского выступления в селе Бездна. Присутствовавший на панихиде Щапов выступил с речью, в которой христианское учение трактовалось им как политическая демократическая доктрина. Это дело получило широкую огласку. Щапов был арестован, но затем взят на поруки управляющим Министерством внутренних дел графом П. А. Валуевым и определен им на службу в свое Министерство. Св. Синодом в отношении Щапова было принято чисто формальное решение об отстранении его от должности и исключении из духовного звания. Однако по представлению Главного комитета Государь Александр II распорядился выслать Щапова в монастырь [1267
]. Случайно или нет, местом пребывания опального профессора был выбран Николо-Бабаевский монастырь Костромской губернии — тот самый монастырь, куда только что прибыл святитель Игнатий, оставивший управление Кавказской епархией и по его просьбе отправленный на покой в эту обитель, где он и провел свои последние годы. Вот как прореагировал Владыка на это распоряжение Св. Синода (в письме к брату П. А. Брянчанинову от 15 января 1862 г.):