Байрактар же воспользовался отсрочкой для происков в городе и в серале. Все было подготовлено к перевороту. 28 июля Мустафа IV совершал увеселительную прогулку на лодке; Байрактар созвал вождей заговора и попросил к себе великого везира. Так как везир отказывался от участия в свержении Мустафы и во вторичном возведении на престол Селима III, то Байрактар приказал его арестовать. Затем он объявил, что ввиду заключения славного мира с русскими санджаки-шериф будет торжественно водворен в серале. На глазах изумленных янычар пройдены были первые ворота, но у вторых ворот завязался спор между Байрактаром и новым бостанджи-баши, который не хотел отпирать без приказания султана Мустафы: «Какой там султан Мустафа! — закричал паша. — Наш властелин и повелитель — султан Селим». Пригрозив разнести ворота пушечными ядрами, он чуть было не добился открытия ворот, но в это время вернулся в сераль Мустафа, предупрежденный своими лазутчиками. Он велел задушить Селима III и сказал своим рабам: «Отоприте ворота и отдайте султана Селима Мустафе Байрактару, раз он этого просит». Над трупом своего господина Байрактар разразился было горючими слезами. Капудан-паша Сеид-Али сказал ему: «Пристало ли паше плакать, словно женщине? Султан Селим требует от нас мести, а не слез». Придя в себя, Байрактар приказал схватить султана Мустафу и провозгласить султаном Махмуда, который немедленно был возведен на престол (28 июля 1808 г.). Месть Байрактара настигла всех, способствовавших смерти Селима: тридцать три головы отрублены были в серале; жены султана, приветствовавшие его убийство, были зашиты в мешки и брошены в Босфор.
Управление Байрактара; его трагический конец (1809).
Сделавшись великим везиром нового султана, всесильный в серале и во всем государстве Байрактар разделался со всеми своими врагами и соперниками; даже капудан-паша был изгнан. После этого он вернулся к делу преобразования армии. Он созвал большое собрание министров, пашей, высших чиновников и именитых людей, говорил им о своем уважении к Бекташу и к войску янычар; но это войско, продолжал он, забыло свои традиции — и великий везир привел точный и устрашающий перечень подтачивающих его злоупотреблений. Необходимо, во-первых, следовательно, уничтожить продажность звания янычара; во-вторых, платить жалование только тем, кто действительно живет в казармах; в-третьих, восстановить былую дисциплину. Таким образом, Байрактар, под видом возвращения к прошлому, предлагал провести реформу. Его речь встречена была одобрением всего собрания. Его старый союзник Кади-паша обещал остаться в Константинополе с 4000 своих регулярных солдат. Однако налоги и сокращение пожалований землей, вызванные расходами на новую армию, вскоре раздражили народ и всех, пользовавшихся этими пожалованиями. Пробудились и фанатизм улемов и озлобление янычар. Властный характер Байрактара вывел из терпения даже нового его повелителя. Его враги искали диверсии против реформ, вроде той, какая уже удалась в 1806 году; в Румелии опять усилилось разбойничество. Для его подавления Байрактар выделил из своего верного войска 6000 человек, оставив при себе всего 6000. Наступил рамазан с обычным религиозным исступлением. 14 ноября 1809 года великий везир отправился из дому с официальным визитом; его свита, состоявшая из солдат и чаушей, вынуждена была бить палками по головам, чтобы проложить себе дорогу. Вид раненых, заполнивших все кофейни, довел раздражение простонародья и янычар до крайнего предела. Восстание вспыхнуло почти само собой.Прежде чем броситься на дворец Байрактара, толпа подожгла соседние здания с целью вызвать наружу его лейб-гвардию, и вскоре все вокруг дворца было объято пламенем. Вместо того чтобы прорваться через это огненное и железное кольцо, Байрактар скрылся в каменную башню своего дворца, захватив с собой свои драгоценности, свою казну, любимую рабыню и негра-евнуха. 1б-го новый капудан-паша Рамис собрал все верные войска: сейменов, т. е. новых регулярных солдат, флотский экипаж, низами-джедид Кади-паши, солдат дунайской армии. Не зная ничего о судьбе великого везира, он заняд на всякий случай сераль, чтобы защитить султана. 16 ноября янычары были отброшены к св. Софии и Гипподрому, а пожар распространялся все дальше в кварталах, по которым проходили войска, и в этом огненном море продолжался ожесточенный бой. Cyлтaн в страхе отдал приказ вернуть защитников в сераль. Мятежники тотчас снова появились под стенами дворца. Махмуд почувствовал себя в опасности. Ему оставалось только одно средство, чтобы сделать свою жизнь священной в глазах самых дерзких мятежников, — принести в жертву единственного оставшегося в живых принца османской крови. И действительно, когда в городе узнали, что Мустафа IV задушен, восстание стихло.