По совету начальника своего штаба Бореля и подполковника Биго, Бурбаки теперь решил оставаться в Безансоне. Его план состоял в том, чтобы, опираясь на Швейцарию и получая провиант по железным дорогам из Понтарлье и Брене, держаться на плоскогорьях Юры, которые со своими почти повсюду неприступными склонами и удобными для обороны ущельями образуют как бы одну громадную естественную крепость. XXIV корпус Брессоля должен был расположиться в Ломоне, упершись своим правым крылом в Бламонское плоскогорье, левым — в ущелье Пон-ле-Мулен, против Бом-ле-Дам; мобили, составлявшие гарнизон Безансона, должны были стать в долине Ду, между Пон-ле-Мулен и плоскогорьем Бюзи; XV корпус Мартино — между Бюзи и Салином, на позициях, господствовавших над Лизонскими ущельями; дивизия Кремера — в ущельях между Пон-д'Эри и Андело-ан-Монтань, где пролегают шоссе и железная дорога на Понтарлье; XX корпус Кленшана — на горе Риве и в долинах Эяа и Соны; XVIII корпус Бильо и резерв — в центре плоскогорья, чтобы иметь возможность быстро появляться всюду, где понадобится, и обеспечивать сообщения. Приказы были разосланы. XV корпус Мартино уже достиг указанной ему позиции, и его вторая дивизия отразила последовательно две атаки, произведенные пруссаками на Бюзи, который загораживает вход на плоскогорье между реками Ду и Лу. Дивизия Кремера уже прибыла в долину Лу и приближалась к Салину.
Но ополченцы департамента Ду (Doubs) покинули Ломон-ские ущелья, а Брессоль не счел нужным немедленно занять их вновь. 24 января войска Вердера, наведя мосты через реку против Бом-ле-Дам, смело углубились в-ущелья и вышли на плоскогорье на левом берегу реки Ду, перед оврагом Пон-ле-Мулен. Держа в своих руках высоты, немцев можно было уничтожить, поставив между двух огней. Брессоль получил приказ снова занять Ломон и двинуться левым флангом XXIV корпуса к оврагу Пон-ле-Мулен, чтобы атаковать пруссаков с тыла. Бильо со своим XVIII корпусом, уже два дня отдыхавшим на стоянках, должен был пройти через Безансон, вечером того же 25 января занять плоскогорье позади города и 26-го утром атаковать пруссаков. При этом его правому крылу приказано было занять командную высоту Кот-Брюн, откуда оно могло обстреливать насквозь всю неприятельскую позицию, а левому — занять, продвинувшись к Даннемари, Силлэ над ущельем Пон-ле-Мулен и тем отрезать немцам всякое отступление.
К несчастью, Бильо прошел через Безансон лишь 26-го, в 3 часа утра, и Бурбаки, рассчитывавший ранним утром застать войска XVIII корпуса в схватке с неприятелем, встретил их в Монфоконе, Женне, Соне и Напкрэ, за три мили от позиций, которые они должны были бы занимать. Огорченный, встревоженный, недовольный, он вернулся вечером в Безансон. Здесь он получил одну за другой три депеши, повергшие его в полное отчаяние: одна — от Фрейсине — упрекала его в медлительности и обвиняла в том, что он готовит второй Мец или Седан; другая доносила, что XXIV корпус Брессоля окончательно покинул Ломон и отступил к Морто и Понтарлье; третья депеша сообщала, что Кремер, вместо того чтобы защищать Салинские ущелья, также отступает к Понтарлье, так как услышал канонаду с фортов. Генерал сделал попытку застрелиться, но револьверная пуля, отклонившись в сторону, повредила только височную кость.
Мартино, Кленшан, Борель, Роллан и Биго собрались на военный совет, чтобы обсудить положение дел. Мартино и Борель отказались принять командование, Кленшан согласился, но с тем условием, чтобы отступить к Понтарлье и затем двинуться на юг.
Отход к Понтарлье.
Две дивизии остались в окрестностях Безансона. Остальная часть восточной армии беспрепятственно достигла первого плоскогорья между Безансоном и долиной реки Лу; но при переходе через второе и затем через третье плоскогорье ее движение приняло катастрофический характер. Пушки и обозы больше не могли следовать за колоннами. Люди и лошади падали от изнурения, холода и голода. Пруссаки, наступая от Арбуа по дорогам, которые Кремер должен был бы защищать, обошли форт Салип и за-тородили все выходы; 29 января французская дивизия в составе 4000 человек сдалась в плен у Сомбакура вместе с двумя генералами и всеми орудиями. Кленшан счел себя спасенным, когда услышал о перемирии. Но перемирие не касалось его. Тогда он подписал в Верьере соглашение с командующим войсками Швейцарского союза Гансом Герцогом и 1 февраля, вступил на швейцарскую территорию, где его армия, еще насчитывавшая 80 000 человек, была интернирована. Энергичное сопротивление в Клюзском ущелье пехотного арьергарда под начальством Паллю де ла Барьер и канонада фортов Жу и Лармон прикрывали ее отход.Вторичное взятие Дпзкона.
Дижон и Бельфор пали одновременно. При вести о том, что перемирие не распространяется па департамент Кот-д'Ор, Гарибальди отступил к Лиону, и 1 февраля генерал Ганн фон Вейхерн, только что присоединившийся к Кеттлеру с двумя баденскими бригадами, без боя вступил в Дижон.