Хотя в обращении к народу в апреле 1978 г. было провозглашено, что революция в Афганистане совершена во имя «защиты принципов ислама и демократии», а патриотическое духовенство призывалось к сотрудничеству с новой властью, в практическом же плане были предприняты шаги по усилению контроля за деятельностью духовенства и содержанием проповедей. Как государственное неуважение к религиозным чувствам и традициям верующих расценивалось то, что допускалась критика ислама и осквернение святых мест. Не проведя необходимой разъяснительной работы, НДПА объявила врагом номер один исламистскую экстремистскую организацию «Братья мусульмане». Без разоблачения антиправительственной деятельности отдельных мулл, режим стал проводить в отношении их жесткие репрессивные мероприятия. При этом многие служители культа расстреливались на глазах верующих. Подобная практика возводила их в число «шахидов», что наносило прямой ущерб авторитету госвласти и отталкивало от участия в реформах правительства значительную часть народа, а также множило число его противников. Ведь ислам был мировоззрением большинства населения, в глазах которого священнослужители являлись слугами Аллаха на земле. К тому же авторитет религиозного деятеля как мудрого советчика и активного участника борьбы афганцев за независимость был весьма высок.
Противостоять исламу или тем более бороться с ним в Афганистане означало выступать против собственного народа. Невежественное обращение с ним, манипулирование исламом в своекорыстных целях обернулось самыми серьезными последствиями. Ислам был взят оппозицией в качестве объединяющей идеологии в противовес идеологии НДПА.
Специальным декретом правительства в октябре 1978 г. женщинам были предоставлены равные права с мужчинами. Предусматривались также отмена калыма, запрещение ранних браков (так называемая брачная реформа). В борьбе за ликвидацию неграмотности допускалось принудительное обучение женщин (а мусульманское духовенство всегда проповедовало, что грамотность женщине ни к чему и даже вредна ей), создавались смешанные учебные группы: стариков, женщин, детей. С точки зрения цивилизованного человека, это были прогрессивные мероприятия. Однако неграмотными и религиозными афганцами, особенно в кишлачной зоне, все это расценивалось как вмешательство в личную жизнь, посягательство на традиционные устои и уклад жизни. Но даже в таких условиях провозглашение равноправия женщин сыграло (особенно в крупных городах) свою роль. Не случайно в последующем тысячи женщин поддерживали режим, состоя в группах защитников революции, в милиции и т. д.
Особенно жестоко расправлялись с шиитами. Показательной в этом плане является судьба семьи лидера (пира) «исмаилитов» Сайда Мансура Надери. Троих его родных братьев Сайда Роунага (поэт), Сайда Анвара и Сайда Хасейна убили по приказу X. Амина.
Репрессивные шаги режима в отношении высшего духовенства и мулл привели к тому, что они под флагом ислама и говоря от его имени возглавили все враждебные новой власти силы и перешли к активному противодействию НДПА, искусно используя исламские Ценности в качестве оружия в борьбе за политическую власть. Именно поэтому показные мероприятия партии, показывающие уважение к исламу (выделение средств для ремонта и строительства мечетей и молельных домов, введение льгот паломникам в Мекку, повышение жалованья муллам и т. п.), не дали ожидаемых результатов.
Практические и организационные меры, предпринятые правительством ДРА по насильственному переустройству общества, привели к разрыву экономических связей. Особенно это ощущалось в центральных районах страны, где ранее существовала система переработки продуктов животноводства и снабжения ими крупных городов, в которой основную роль играли хазарейцы и кочевники. Это повлекло за собой падение жизненного уровня населения и сначала скрытое, а затем явное сопротивление населения. Главный лозунг, под которым партия пришла к власти, — улучшение жизни простого народа — оказался пустым звуком.
В июне 1978 г. произошли первые вооруженные выступления против «демократических и антифеодальных мероприятий» центральных властей в провинциях Бадахшан, Бамиан, Кунар, Пактия и Нангархар. Их возглавили помещичье-феодальные круги, компрадорская буржуазия и консолидировавшееся с ними высшее исламское духовенство. В отличие от НДПА, они умело использовали в своей деятельности практически сплошную неграмотность населения, сложные межнациональные и племенные противоречия, религиозный фанатизм и крайний национализм. Но руководство страны не особенно встревожил такой поворот событий. Оно посчитало, что сможет легко подавить силой отдельные очаги сопротивления, и отдало соответствующий приказ армии.