Действия армейских подразделений против сельской оппозиции, применение артиллерии и авиации для подавления ее вооруженных выступлений повлекли за собой жертвы среди мирного населения, разрушение кишлаков и ирригационных систем, уничтожение урожая на полях. Это привело к тому, что мятежное движение постепенно стало расширяться. Под влиянием мулл и землевладельцев стихийное сопротивление сельских жителей приобрело организованный характер и приняло исламскую окраску. Но правительство, продолжая уповать только на силу, вводило в действие все новые и новые боевые части, в том числе применяя их в тех районах, в которых традиционно армия никогда ранее даже не появлялась (зона расселения свободных пуштунских племен).
Карательные меры против внутренней оппозиции и населения вызвали поток беженцев из Афганистана. Спасая детей и родственников, люди уходили из страны семьями, а иногда и целыми кишлаками. По мере нарастания боевых действий число беженцев увеличивалось, и вскоре этот процесс принял массовый характер. Например, если в 1973 г. в Пакистан эмигрировало несколько сот человек, а в 1978 г.- 110 тыс. чел., то только в сентябре — декабре 1979 г. их стало уже — 750 тыс. чел. В последующем количество беженцев стало исчисляться миллионами.
Активизировала свою деятельность и внешняя оппозиция, основной базой которой стал Пакистан. Ведь после неудавшегося восстания в 1975 г. исламские группы, связанные с международной организацией «Братья мусульмане», объединились под руководством Г. Хекматияра в Пакистане в партию «Хезбе ислами-е-Афганистан» («Исламская партия Афганистана») и вскоре приняли в свои ряды многих представителей высшего духовенства и мулл. В их числе были Бурхануддин Раббани, Мухаммед Юнус (Халес), Сайд Мансур, Джелалуддин Хакани, Ахмад Шах (Масуд) и др.
Находясь под сильным влиянием современных мусульманских мыслителей-фундаменталистов, в том числе основателя пакистанского «Джамите-ислами» и руководителя движения за «более исламский» Пакистан Сайеда Маудуди, основателей исламистской экстремистской организации «Братья мусульмане» Сайеда Кутаба и Хассана-уль-Бана, а также иранца Али Шариати, руководство Исламской партии Афганистана (ИПА) повело борьбу с режимом НДПА с крайне правых исламистских позиций.
Однако в одной партии нескольким лидерам было тесно. Каждый из них стремился создать собственную партию. Первым откололся Б. Раббани, который образовал «Джамиат-е-ислам-е-Афганистан» («Исламское общество Афганистана»). За ним последовали некоторые бывшие члены ИПА, в том числе и Ахмад Шах Масуд. И хотя внешне лидеры оппозиции выступали как союзники, постепенно между ними возникли разногласия, переросшие затем во вражду, которая с годами усиливалась.
К началу Апрельской революции в Афганистане на пакистанской территории уже находились и действовали центры двух основных фундаменталистских оппозиционных организаций — «Исламская партия Афганистана» (ИПА) под руководством Г. Хекматияра и «Исламское общество Афганистана» (ИОА), возглавляемое Б. Раббани. Они были созданы после распада организации «Мусульманская молодежь», из уцелевших ее членов. Эти партии стояли на позициях исламских фундаменталистов. Но по мере развития мятежного движения вовлеченные в него деревенские афганцы воевали в основном под руководством местных мулл, которые придерживались традиционалистических воззрений и выступали против новых толковании ислама, считая их отклонением от истинного ислама. На этой основе возникла партия «Худам-уль-фуркан» («Слуга Корана»).
Во второй половине 1978 г. были предприняты попытки объединить все эти партии в единую, которую должен был возглавить религиозный авторитет Мохаммад Наби Мохаммади. Однако это противоречило традиционной афганской социальной системе, основанной на свободе и равенстве личности. Такое объединение просуществовало недолго и вскоре распалось.
В 1979 г. на политической арене появились новые, созданные в Пакистане оппозиционные центры, партии и организации: «Хезбе ислами Халес» («Исламская партия Халеса» — ИПХ), отколовшаяся от ИПА из-за личных разногласий между Хекматияром и Халесом; «Махаз-и-милли ислами Афганистан» («Национальный исламский фронт Афганистана»- НИФА), организуется видным религиозным деятелем, духовным лидером (пиром) ордена «Кадирия Суфи» С. А. Гилани, выступавшим за реставрацию в стране монархии; «Харакат-и-икилаб-и-ислами Афганистан» («Движение исламской революции Афганистана» — ДИРА), созданное на базе группы ортодоксального духовенства «Служители Корана» под руководством М. Наби. Все эти организации решительно были настроены на вооруженную борьбу с республиканским режимом и приступили к формированию боевых отрядов, организации подготовки боевиков и оснащению их современным оружием.