В подсобном фонде ГРМ обнаружились три большие портрета из Фонтанного дома. Это были копии парадных портретов фельдмаршала Шереметева (с оригинала работы И. Аргунова в Кускове), графа Петра Борисовича (оригинал кисти художника Делапьера) и портрет графа Николая Петровича (с оригинала В. Л. Боровиковского). Эти копии были изготовлены в конце XIX – начале XX веков художницей Еленой Рейхардт по заказу графа Сергея Дмитриевича. После переговоров с хранителями и администрацией Русского музея эти портреты были переданы на постоянное хранение в Шереметевский дворец. Для Русского музея эти копии не представляли особого интереса, но для нарождающегося Музея они – «родные». Однако холсты пребывали в плачевном состоянии: без рам, с разрывами, очень запыленные, и им потребовалась серьезная реставрация. После завершения реставрационных работ они заняли свое место в новой экспозиции. Портрет фельдмаршала и сейчас висит в Аванзале – именно там, где его повесил граф Сергей Дмитриевич. Для новой экспозиции были созданы копии с известных портретов крепостных актрис Прасковьи Жемчуговой и Татьяны Шлыковой.
Одновременно с реставрацией помещений и созданием экспозиций в помещениях парадной анфилады шло перемещение уникальной коллекции музыкальных инструментов, составляющих часть фондов Музея театрального и музыкального искусства. Все собрание насчитывает более трех тысяч предметов и считается одним из крупнейших в мире. Этой работой руководил хранитель коллекции Владимир Васильевич Кошелев, один из самых известных в России специалистов-инструментоведов. В 1996 году переезд в целом завершился.
В октябре 1997 года на первом этаже Галерейного флигеля открылась постоянная экспозиция музыкальных инструментов «Открытые фонды», она знакомит посетителей с частью коллекции. Часть клавишных инструментов разместили в Белой гостиной дворца, расположенной в центре парадной анфилады.
В 1998 году в экспозиции дворца возникла третья тема. В двух гостиных в центре дворца «поселилась» коллекция произведений искусства, подаренная Музею музыки петербурженкой Августой Михайловной Сараевой-Бондарь, ныне уже покойной (она скончалась летом 2000 года). Она и ее муж Владимир Владимирович Стрекалов-Обленский (1905 – 1990), известный ленинградский фотохудожник, собрали большую коллекцию произведений русского и западноевропейского искусства, насчитывавшую около 700 единиц хранения. Коллекция целиком переехала из их квартиры на Васильевском острове в Шереметевский дворец.
Накануне празднования 300-летия Петербурга завершился еще один этап реставрационных работ. В полном своем великолепии предстал Белый зал, для которого заново изготовили хрустальные люстры и открылись новые комнаты парадной анфилады второго этажа – Желтая (Золотая) гостиная и Этрусская. В Желтой гостиной Владимир Кошелев создал выставку из коллекции музыкальных инструментов «Скрипка – царица бала».
В 2001 году в Шереметевский дворец по решению городских властей была передана еще одна ценная частная коллекция произведений русского и западноевропейского искусства. Эта коллекция – плод многолетнего собирательства петербурженки Валентины Михайловны Голод (1916 – 1999). Она насчитывает около 800 предметов. Горожане смогли увидеть коллекцию в Зеленой и Малиновой гостиных на временной выставке в 2002 году.
В мае 2003 года в Фонтанном доме открылась постоянная выставка «Возвращенное наследие», посвященная выдающемуся русскому композитору, дирижеру, ректору Петербургской консерватории Александру Константиновичу Глазунову (1865 – 1936). Зарубежный фонд Глазунова принял решение вернуть на родину архив и обстановку парижской квартиры композитора. Эта выставка расположена в Официантской и Наугольной – там, где работала первая экспозиция Музея музыки.
Таким образом, сложившаяся к сегодняшнему дню в Шереметевском дворце экспозиция отражает историю рода Шереметевых, страницы истории музыкальной культуры России, а также историю русского и зарубежного изобразительного декоративно-прикладного искусства.
Кроме постоянной экспозиции в Фонтанном доме устраиваются временные выставки. Основным выставочным помещением стал после реставрации бывший Оружейный зал.
В выставочной деятельности Музея музыки неизменной остается тема истории рода Шереметевых и их вклада в историю отечественной культуры. В стенах дворца прошло несколько выставок, организованных совместно с рядом других музеев нашего города и Москвы.