В ноябре 2000 года открылась выставка «Фонтанный дом в чертежах, акварелях и рисунках», приуроченная к его 250-летию. В числе показанных на ней экспонатов особое место занимали подлинные акварели с видами интерьеров Фонтанного дома, чертежи, фотографии 1929 – 1930 годов, хранящиеся ныне в Государственном Эрмитаже.
В 2002 году в Фонтанном доме работала еще одна масштабная выставка «И Шереметев благородный…», приуроченная к 350-летию со дня рождения фельдмаршала и к 300-летию Санкт-Петербурга. Экспонаты предоставили Государственный Эрмитаж, Государственный Русский музей. Государственный музей-заповедник «Гатчина», Военно-исторический музей артиллерии, инженерных войск и войск связи, Государственный мемориальный музей А.В. Суворова. Центральный военно-морской музей, Государственный музей керамики и усадьба «Кусково» XVIII века, Российская национальная библиотека и Российский государственный исторический архив. Среди представленных экспонатов были вещи, которые прежде находились в Фонтанном доме – часть коллекции оружия из Оружейного кабинета, а также многие уникальные документы из родового архива, в том числе подлинный документ о принятии боярина Шереметева в кавалеры Мальтийского ордена. Был выпущен каталог этой выставки.
В 2003 году в Фонтанном доме с большим успехом прошла выставка «П.И. Ковалева-Жемчугова (1768 – 1803). Акт риса. Графиня. Легенда». Экспонаты на выставку предоставили Музей театрального и музыкального искусства, Государственный Эрмитаж, музей-усадьба Останкино, Павловский дворец-музей. Центральный военно-морской музей, Российский государственный исторический архив.
Кроме названных в Оружейном зале уже состоялись десятки выставок, посвященных различным известным страницам и знаменитым персонажам русского театрального и музыкального искусства.
За последние два десятилетия появилось немало изданий по истории Фонтанного дома и истории рода графов Шереметевых.
Ленинградский писатель А.И. Вересов в 1990 году тиражом в 100 000 экземпляров опубликовал историческую повесть «Фонтанный дом», в которой главными действующими лицами стали крепостные актрисы Прасковья Жемчугова и Татьяна Шлыкова.
В 1992 году санкт-петербургское отделение издательства «Художественная литература» переиздало «Своеручные записки» княгини Натальи Борисовны Долгорукой.
В журнале «Ленинградская панорама» появилась серьезная статья об истории Фонтанного дома, написанная искусствоведом Анной Генриховной Каминской, внучкой Анны Ахма товой. В разных изданиях стали публиковаться результаты исследований историка архитектуры Б.М. Матвеева, автора исторической справки к проекту реставрации Фонтанного дома.
С начала 1990-х годов в городе выходила газета «Санкт-Петербург», издаваемая Фондом изучения и сохранения исторического и культурного наследия «лики России». Один из первых выпусков этой газеты, № 5 (11) за 1994 год, был полностью посвящен шереметевской усадьбе.
В 1996 году в серии «Дома и особняки Петербурга» издательства «Черное и белое» вышла книга «Фонтанный дом», написанная Б.М. Матеевым и А.В. Краско. В ней впервые, с момента выхода путеводителя 1923 года, рассказывается об истории строительства усадьбы и о жизни владельцев Фонтанного дома. Стали публиковать свои статьи научные сотрудники Музея музыки О.А. Великанова (сейчас она заведует Музеем музыки) и О.А. Ходякова. В 1996 году старший научный сотрудник музея Ольга Анатольевна Ходякова защитила кандидатскую диссертацию «Материалы фонда графов Шереметевых в РГИА как источник по истории культурной жизни Петербурга первой половины XIX века».
Историю и генеалогию рода Шереметевых на протяжении трех десятилетий изучает автор этих строк, результаты исследований опубликованы во многих изданиях. Свою лепту в изучение истории рода Шереметевых и его наследия вносят московские коллеги Н.Г. Преснова (ГТГ), М.Д. Ковалева (в настоящее время преподаватель Историко-архивного института), В.А. Ракина и Л.А. Лепская (дворец-музей Останкино), сотрудники музея в усадьбе Остафьево Т.Н. Смирнова, Л.М. Корнишина, О.М. Свалова, С.Р. Долгова (РГАДА), историк русской усадьбы И. Слюнькова (Москва), музыковед Ю.С. Горяйнов (Белгород), Е.Н. Бобров, руководитель «Шереметев-центра» (Иваново), музыкант В.А. Капустина (Санкт-Петербург) и многие другие, преданные этой теме люди.
Музей Анны Ахматовой также публикует монографии и статьи об Анне Андреевне Ахматовой, бóльшая часть жизни которой прошла в Фонтанном доме.
Музей музыки располагает на сегодняшний день значительными фондами, которые постоянно пополняются. Большую часть фондов хранит кандидат исторических наук Ольга Анатольевна Ходякова. Особенно интенсивно в последнее время растет нотный фонд музея. Главную роль в пополнении и описании этой коллекции играет ведущий научный сотрудник музея доктор искусствоведения Нина Борисовна Захарьина. В.В. Кошелев готовит к изданию научный каталог всего собрания музыкальных инструментов.
Концерты в Фонтанном доме