Осенью 1700 года умер патриарх Адриан, и преемника ему не было. Рязанский митрополит Стефан Яворский назначен был только экзархом св[ятейшего] патриаршего престола, блюстителем и администратором, что показывало меру временную, переходную; можно было считать ее приготовлением к уничтожению патриаршества; можно было ждать также, что патриарх будет, когда царь найдет способного человека, и действительно трудно сказать, был ли в это время уже решен Петром вопрос об уничтожении патриаршества. Можно рассуждать так: если бы Петр хотел сохранить патриаршество, то что ему мешало остановить выбор на том же Стефане Яворском или каком-нибудь другом архиерее из ученых малороссиян? Первая потребность была в распространении образования между духовенством, в надзоре за главною школою московскою, Академиею; патриарх из великороссиян не был способен к этому по неимению школьного образования, но патриарх из малороссиян удовлетворял этой главной потребности. Но мы должны перенестись в то время, когда на малороссиян в Великой России смотрели как на чужих; занятие малороссиянами архиерейских кафедр возбудило сильное неудовольствие, разумеется, прежде всего между людьми, которые сами надеялись занимать эти кафедры и были отстранены пришельцами, но эти недовольные были свои, и потому их неудовольствие легко заражало массу.
Сильные следы этого неудовольствия у великороссийского духовенства на малороссийских архиереев мы находим даже 50 лет спустя, когда архиереи из великороссиян с ненавистию отзывались о своих предшественниках-малороссиянах, об этих, по их словам, черкасишках никуда не годных, и от людей переносили свое нерасположение к делу, к школам, заведенным архиереями-малороссиянами. Петр ввиду необходимости не счел позволительным уступить этому чувству, призвал малороссиян на архиерейские кафедры, но поставить патриарха из малороссиян было бы слишком. Притом кроме неудовольствия своих Петр должен был обращать внимание на внушения Константинопольского патриарха не ставить в патриархи малороссиян как подозрительных в неправославии, и особенно Стефана Яворского. Таким образом, все соединялось для того, чтобы затруднить дело и заставить Петра отложить его.
За назначением Яворского блюстителем патриаршего престола немедленно последовали преобразования. Дело суда и управления церковными имуществами сосредоточены были в Монастырском приказе, отданном в ведение светскому лицу, боярину Ивану Алексеевичу Мусину-Пушкину. Для прекращения жалоб на беспорядки монастырской жизни, на тунеядство и соблазнительное бродяжничество монахов и монахинь из одного монастыря в другой монахи и монахини были переписаны, и переход их из одного монастыря в другой запрещен, кроме важных законных причин; стража стала у ворот монастырских: монах и монахиня не могли выходить, кроме крайней необходимости, и то на короткое время; мирские люди могли входить только в церкви монастырские во время богослужения; жить в монастырях не могли; писать монахи и монахини могли только в трапезе с позволения начальства, ибо оказывалось, что в кельях писались вовсе не душеспасительные вещи. Нельзя было никого вновь постричь без царского указа. Прежние монахи, говорил указ, содержали себя своими трудами и еще питали нищих; нынешние же нищих не питают, но сами чужие труды поедают, и потому Монастырский приказ, где сосредоточивались доходы с монастырских имений, выдавал монахам на содержание известное количество денег и хлеба, остальное должно было идти на пропитание нищих, в богадельни и в бедные монастыри, у которых не было вотчин. На монастырские доходы был построен в 1707 году в Москве за Яузою госпиталь, который служил вместе и медицинскою школою, в заведовании доктора-иностранца Бидлоо и русского лекаря Рыбкина. Чрез пять лет Бидлоо хвалился, что в госпитале вылечено более тысячи больных, хвалился и быстрыми успехами своих русских учеников, которые в количестве 33 человек ежедневно имели дело со сто, а иногда и с 200 больными. Москва очень нуждалась в медицине; по указу Петра за 1703 год подана была священниками первая ведомость о числе родившихся и умерших; оказалось, что число смертных случаев с лишком 2000 превышало число рождений.