Каким глубоким оказался раскол в отношениях царя Алексея Михайловича с прежними советниками и даже родственниками после утверждения на первых местах в его ближнем круге Артамона Матвеева, показывает знаменитая история боярыни Морозовой. До недавнего времени главный житийный источник — «Повесть о боярыне Морозовой» — рассматривали исключительно в контексте истории старообрядчества и как памятник древнерусской литературы. Между тем историк Павел Владимирович Седов убедительно показал, что «Повесть…» напрямую связана с придворной историей. Преследование боярыни Морозовой, невестки воспитателя царя и жены его младшего брата Глеба Ивановича Морозова, началось с того времени, когда она осмелилась отказаться, под предлогом болезни, от участия в свадебных торжествах царя Алексея Михайловича и Натальи Кирилловны Нарышкиной. «Ноги ми зело прискорбны, и не могу ни ходити, ни стояти!» — говорила боярыня. «Вем, яко загордилася!» — отвечал царь. Раньше при дворе защитницей Морозовой и других приверженцев старой веры была царица Мария Ильинична, теперь все изменилось. Когда Морозова перестала, как это было раньше, демонстрировать свое подчинение, царь Алексей Михайлович произнес роковые слова: «Тяжко ей братися (от брань, война. —
Даже после своеобразного объявления войны царь Алексей Михайлович долго надеялся «смирить» упорствующую в непринятии церковных перемен и отказывающуюся от благословения церковных иерархов боярыню или хотя бы заставить ее «для вида» перекреститься троеперстием. В этой обрядовой последовательности и проходит граница, отделявшая жизнь придворной от жизни церковной подвижницы. Несмотря на утвердившийся под воздействием известной картины Василия Ивановича Сурикова образ, боярыня Морозова отнюдь не была религиозной фанатичкой. Ей, как наследнице одного из богатейших российских состояний, было что терять; заботилась она и о судьбе своего сына, о сестре — княгине Евдокии Прокопьевне Урусовой, в итоге разделившей ее участь, о других членах семьи — братьях Федоре и Алексее Соковниных, отосланных из Москвы «якобы на воеводство, паче же в заточение». В ее переписке с духовным отцом, протопопом Аввакумом, можно найти и горделивые слова: «Есть чем, батюшко, жить; телесного много дал Бог», и размышления о женитьбе сына — Ивана Глебовича, выборе ему невесты из «доброй» семьи, или обычной «породы». Сам протопоп Аввакум в сердцах однажды попрекнул ее любовью к богатым «треухам». Об этом несоответствии привычному образу писал исследователь русской культуры рубежа XVII–XVIII веков Александр Михайлович Панченко: «Боярыня Морозова — это характер сильный, но не фанатичный, без тени угрюмства». Но все эти детали перестали иметь значение после того, как церковные власти и Боярская дума вмешались в противостояние царя и верховой боярыни прежней царицы. Да и сама она уже приняла тайный постриг с монашеским именем Феодора. По словам «Повести о боярыне Морозовой», «и бысть в Верху не едино сидение об ней, думающее, како ю сокрушат». Муж сестры, царский спальник князь Петр Урусов, тоже предупреждал жену, «что у них в Верху творится»: «Скорби великие грядут на сестру твою, понеже царь неукротимым гневом содержим и изволяет на том, что вскоре ее из дому изгнати!»
Исполнителем царской воли стал чудовский архимандрит Иоаким (будущий патриарх), неожиданно начавший церковное следствие прямо в доме боярыни Феодосии Прокопьевны Морозовой 16 ноября 1671 года. Известны слова Иоакима, вполне объясняющие его роль в этом деле: «…Не знаю старые веры, ни новые, но что велят начальницы, то и готов творити и слушать их во всем». Вместе с чудовским архимандритом в обыске в боярском доме участвовал глава Стрелецкого приказа думный дьяк Ларион Иванов. Именно по их приказу боярыню вынесли из дома на кресле, когда она, поддерживая версию о своей «болезни», отказалась идти куда бы то ни было (этот момент изображен на картине другого исторического живописца, Александра Дмитриевича Литовченко, также «дословно» проиллюстрировавшего текст «Повести»). И в дальнейшем, когда 18 ноября боярыню заставили предстать перед судом в Чудовом монастыре — «и принесоша Феодору и вшедши во едину от полат вселенских», — она еще могла надеяться, что царь согласится с ее версией и не будет преследовать дальше непокорных сестер.