Да тогож числа Фёдор Дубровский приведён в застенок и на очной ставке с царевичем о вышеписанных словах о Рязанском спрашиван, и сказал, что он, Дубровский, такия слова ему, царевичу, [говорил] что-де Рязанский к тeбе добр и твоей-де стороны и весь-де он твой, говорил, слыша о поучении, что он читал поучение, где и об нём, царевиче, упоминал же, и угождая ему, царевичу, потому что уже он сведал, что у них контра.
И в том им розыскивано, в какую меру он ему, царевичу, говорил, что его стороны?
А с розыску сказал те ж речи, что выше сего; а больше не знает.
Дано ему 25 ударов.
Да тогож числа разстригою Яковом Игнатьевым в вышеписанном розыскивано, и спрашиван, с кем они желали все Государю смерти и для чего?
А с розыску сказал те ж речи, что с прежняго розыску, дано ему 9 ударов».
После таких мер, царевич написал показание, в котором наговорил на себя столько, сколько даже не был вынужден говорить… Он наговорил на многих государственных людей, притянул к делу киевского митрополита, заявивши, что он ему друг, что писал к этому архипастырю и просил всем сказывать, что царевич убежал от принуждения вступить в монастырь. Пётр, по этому показанию, отправил Скорнякова-Писарева в Киев сделать у митрополита обыск и самого его препроводить в Петербург. Престарелый митрополит Иосиф Кроковский был отправлен в Петербург, но не доехал и умер на пути в Твери. Предание говорило, что его отравили… Вынужденное пытками сознание царевича в том, что он готов был пристать к бунтовщикам, дало Петру повод не стесняться своим прежним обещанием помилования, данным виновному сыну.
Великий преобразователь со свойственной ему плодовитостью в мае и июне сочинил по сему поводу несколько обращений к народу, к духовным и гражданским чинам. Главный смысл сих обращений заключался в том, что хотя он и обещал царевичу прощение, но будто бы под условием чистосердечного и полного во всём признания и раскаяния; а так как Алексей не исполнил сего условия, то прощение ему не в прощение.
Казалось бы, Петру оставалось или всем заведомо исполнить смертный приговор, или смягчить наказание, или совсем помиловать. Но он не сделал ни того, ни другого, ни третьего.
…Царь вручил духовным и мирским чинам повелительные указы, в которых подчёркивал, что они должны вершить суд независимый. И, надо сказать, что указы эти писаны так, что заставляют верить в искренность монарха: «Преосвященным митрополитам, и архиепископам, и епископам, и прочим духовным. Понеже вы ныне уже довольно слышали о малослыханном в свете преступлении сына моего против нас, яко отца и государя своего, и хотя я довольно власти над оным по божественным и гражданским правам имею, а особливо по правам российским (которые суд между отца и детей и у партикулярных людей весьма отмещут), учинить за преступление по воле моей без совету других, а однако ж боюсь Бога, дабы не погрешить. Ибо натурально есть, что люди в своих делах меньше видят, нежели другие в их. Тако ж и врачи, хотя б и всех искуснее который был, то не отважится свою болезнь сам лечить, но призывает других. Подобным образом и мы сию болезнь свою вручаем вам, прося лечения оной, боясь вечныя смерти; ежели б один сам оную лечил, иногда бы не познав силы в своей болезни, а наипаче в том, что я с клятвою суда Божия писменно обещал оному своему сыну прощение и потом словесно подтвердил, ежели истинно скажет. Но хотя он cиe и нарушил утайкою наиважнейших дел и особливо замыслу своего бунтовного против нас, яко родителя и государя своего; но, однако ж, дабы не погрешить в том, и хотя cиe дело не духовного, но гражданского суда есть, которому мы оное на осуждение беспохлебное чрез особливое объявление ныне ж предали. Однако ж мы, желая всякого о сём известия, и воспоминая слово Божие, где увещевает в таковых делах вопрошать и чина священного о Законе Божии, как написано во Главе 17 Второзакония, желаем и от вас apxиepeев и всего духовного чина, яко учителей слова Божия, не издадите каковый о сём декрет, но да взыщете и покажете о сём от Священного Писания нам истинное наставление и рассуждение; какого наказания cиe богомерзкое и Авессаломову прикладу уподобляющееся намерение сына нашего по божественным заповедям и прочим Святого писания прикладам и по законам достойно; и то нам дать за подписанием рук своих на письме, дабы мы, из того усмотря, неотягчённую совесть в сём деле имели, в чём мы на вас, яко по достоинству блюстителей божественных заповедей и верных пастырей Христова стада, и доброжелательных отечествия, надеемся, и судом Божиим, и священством вашим заклинаем, да без всякого лицемерства и пристрастия в том поступите». Такого же содержания дан указ министрам, Сенату и стану воинскому и гражданскому…
Духовенство, как бабушка, сказало надвое.