Не было и никаких поползновений возродить «Силлабус». Но во многих вопросах, имеющих самое насущное значение для прихожан, дух собора действительно оказался преданным. Аборт остается грехом, наказуемым отлучением от Церкви. И хотя перспектива перенаселенности и истощения природных ресурсов мрачно нависает над планетой, Церковь ведет себя как страус, упорно отказываясь признавать эту угрозу и сохраняя непреклонную позицию в отношении контроля за рождаемостью, которая тянет ее в прошлое и вызывает катастрофический разлад с современным миром, отталкивает многих католиков и порождает мучительные психологические проблемы для многих других. В начале работы II Ватиканского собора папа Иоанн XXIII создал комиссию для изучения вопроса о контроле за рождаемостью. Действительно ли использование искусственной контрацепции является смертным грехом, наказуемым автоматическим осуждением на вечные муки? К сожалению, понтифик умер, прежде чем собор смог принять свое решение по этому вопросу. Когда вопрос был вынесен на обсуждение в октябре 1964 года, значительное число клириков было настроено в пользу более гибкого отношения. Как только это выяснилось, дебаты были без долгих разговоров свернуты кардиналом Агаджианьяном, видным членом Священной канцелярии и Папской библейской комиссии. Щекотливый вопрос, который должен был решить собор, был вместо этого передан на рассмотрение новому папе, взявшему на себя принятие решения.
Когда собор выказал готовность пойти навстречу рекомендациям комиссии, настаивавшим на большей гибкости в этом вопросе, Павел VI внес свои собственные поправки, которые фактически свели на нет всякую реформу. Эти поправки встретили сильнейшие возражения со стороны большинства членов комиссии. Папа ответил на них, опубликовав 25 июля 1968 года свою позорную энциклику, в которой, опираясь на весь авторитет своей непогрешимости, решительно запретил искусственную контрацепцию. Прежний «Силлабус» был упразднен, но вместо него была провозглашена не менее ретроградная, анахроничная и реакционная точка зрения. В ноябре 1963 года, во время одного из дебатов на II Ватиканском соборе, кардинал Фрингс из Кельна не побоялся подвергнуть критике саму Священную канцелярию. Выражаясь его словами, ее методы «не соответствуют духу времени и пользуются скандальной славой в мире… Никто не должен подвергаться суду и осуждению, не будучи выслушанным, не зная, в чем его обвиняют».
Кардинал Альфредо Оттавиани, возглавлявший в то время Священную канцелярию, не был склонен изменять политике своего предшественника и наставника зловещего кардинала Мерри дель Валь. В ответ Оттавиани возразил, что любые нападки на Священную канцелярию являются «прямым оскорблением папы». Однако в век телевидения и средств массовой информации даже Священная канцелярия не могла оставаться безучастной к вопросам имиджа и общественного мнения. В 1965 году, по инициативе папы Павла VI, эта организация отказалась от названия, которое в течение столетий вызывало у людей страх и ненависть. С приходом нового префекта, югославского кардинала Франциска Сепера, она стала именоваться – менее зловеще, хотя и более напыщенно – как Конгрегация доктрины веры. Под этим громоздким названием бывшая инквизиция продолжает действовать и по сию пору, словно облагороженное название способно предать забвению ее кровавое прошлое. Впрочем, в 1997 году доктор Пол Коллинз, выпускник Гарварда и священнослужитель, писал, что «Священная канцелярия, возможно, и сменила свое название, однако идеология, на которой она базируется, осталась. Она определенно не изменила своих методов. Она по-прежнему принимает анонимные обвинения, не пытается разобраться в существе дела, лишь требует отречения от обвиняемого и продолжает использовать в качестве своих экспертов третьеразрядных теологов. Этому институту нет места в современной Церкви. Она не подлежит реформированию, а потому должна быть упразднена». Далее доктор Коллинз отмечает, что преступления Конгрегации доктрины веры по сути своей являются преступлениями всей римской курии, существующей исключительно для того, чтобы «быть опорой папизму… инструментом папской власти, а не церковной администрацией».
По словам не столь критично настроенного комментатора, Конгрегация «является инструментом, с помощью которого Святой престол осуществляет укрепление веры и бдительно следит за ее непогрешимостью. Таким образом, как таковая она является блюстителем католической ортодоксии. Не случайно она занимает первое место в официальном перечне конгрегации римской курии».