В 1983 году новый Кодекс канонического права постановил, что все преподаватели теологии в высших учебных заведениях должны иметь разрешение или лицензию от «компетентного церковного авторитета», под которым понимался самое меньшее местный епископ. Другими словами, по выражению одного комментатора, «теологи обязаны прислуживать, а не оспаривать». Вскоре после этого более 500 немецких теологов поставили свои подписи под протестом, известным под названием «Кельнской декларации». В нем выражалась обеспокоенность подписавшихся возросшим числом квалифицированных богословов, которым отказывали в разрешении на преподавательскую деятельность. Как сказано в «Кельнской декларации»:
«Налицо злоупотребление правом отказывать в официальном разрешении на преподавательскую деятельность; оно стало средством дисциплинарного воздействия на теологов».
Конгрегация доктрины веры осталась безучастной к подобным протестам. В сентябре 1984 года в Рим был вызван бразильский францисканец отец Леонардо Бофф. Там он предстал перед трибуналом Конгрегации и получил предписание на год отказаться от публичных выступлений. В ноябре того же года вызов в Рим – третий с 1979 года – получил видный голландский писатель-доминиканец отец Эдвард Шиллебеекс, которому было велено дать объяснения Конгрегации. В марте 1986 года лишился права на преподавательскую деятельность и год спустя был уволен со своего поста отец Чарлз Керран – теолог из Вашингтонского католического университета. В 1987 году судебным разбирательствам подвергся архиепископ Хантхаузен из Сиэтла, известный поборник решений II Ватиканского собора. В 1988 году был осужден индийский иезуит Луис Бермехо. Американскому иезуиту отцу Теренсу Суини было приказано прекратить свои исследования вопроса об отношении священнослужителей к браку духовных лиц и сжечь все свои бумаги. Взбунтовавшись против этой попытки вновь разжечь традиционные костры прежней инквизиции, отец Суини оставил лагерь иезуитов. Под стать его негодованию на такое обращение было возмущение немецкого теолога-моралиста отца Бернарда Херинга. Отец Херинг счел разбирательство, учиненное в отношении него Конгрегацией, более унизительным и оскорбительным, чем те четыре случая, когда он в свое время представал перед нацистским судом. В 1989 году Конгрегация официально потребовала, чтобы вновь назначаемые в семинариях и католических университетах лица – ректоры, президенты, профессора теологии и философии – не только давали обет веры, но и приносили клятву верности. Такая же клятва была сделана обязательной для вновь назначаемых пасторов. С этой целью в стандартный обет веры было включено дополнительное предложение:
«Я также полностью принимаю и обязуюсь исповедовать все положения Церкви относительно доктрины веры или нравственности».
Эти меры были введены Конгрегацией сугубо по ее собственной инициативе. Не было проведено никаких предварительных консультаций с теологами или участниками на какой-либо конференции епископов. Они стали сюрпризом и шоком даже для других департаментов курии. В католическом академическом мире тут же последовала реакция «глубокого и сильного беспокойства». В мае 1990 года Конгрегация представила черновой вариант предполагаемого нового «Вселенского катехизиса Католической церкви». На 354 страницах этого документа с новой силой утверждался догмат папской непогрешимости, при этом неявным образом отвергалось сближение с другими конфессиями и вероисповеданиями, начатое II Ватиканским собором. Согласно тексту Конгрегации:
«Задача давать подлинное толкование Слова Господа, будь то в его письменной форме или в форме предания, вверена одному только действующему департаменту учения Церкви».