Какие бы иллюзии ни питал Пий поначалу, они быстро испарились вместе с его популярностью. Очень скоро стало очевидно, что та Италия, которую представлял себе папа, была далека от какого-либо конституционного управления. В 1848 году он наотрез отказался предоставить свою поддержку мятежной военной кампании против австрийского владычества на севере. Его показной нейтралитет был воспринят как трусливое предательство, а последовавшая за этим яростная реакция народа вынудила его позорно бежать из Рима под видом священника в карете баварского посланника. В 1850 году папа был водворен на престол с помощью французских штыков. Теперь его политическая позиция, однако, не делала никаких уступок либерализму или реформаторству, а установленный им в своих владениях режим делался все более ненавистным.
В результате войны между Австрией и Францией в Северной Италии в 1859 году вся прежняя папская область была аннексирована новым королевством Италией, за исключением Рима и непосредственно прилегающих к нему территорий – района примерно в 120 на 30 миль. Даже в этих маленьких владениях положение папы было шатким и ненадежным и нуждалось в постоянном французском военном присутствии. Защищенный таким образом, папа воспользовался развитием транспорта и сообщения для дальнейшего ослабления авторитета католических епископов и для все большей централизации власти в собственных руках. К примеру, Алоис Гётцль, видный францисканский профессор философии и теологии, был вызван высочайшим повелением из Мюнхена в Рим из-за того, что защищал писателя, вызвавшего неодобрение папы и Священной канцелярии. Гётцля безотлагательно осудили и приговорили к отбыванию покаянного срока в римском монастыре. Его освободили только благодаря настойчивым обращениям баварского посланника, действовавшего по прямому указанию короля Людвига II; но даже в этом случае Гётцль был вынужден официально отречься от своих взглядов.
Внутри своих собственных владений папа Пий IX правил как абсолютный монарх. Старые ограничения, вроде тех, что отменяли право собрания, по-прежнему имели силу закона. Никакие независимые газеты не разрешались. Сообщения репортеров и корреспондентов, работающих в папском государстве, перехватывались полицией, прежде чем могли быть отправлены за границу. Всякая критика цензурировалась или подавлялась, а сами критики нередко оказывались под запретом.
Нежелательные книги и журналы изымались. Все произведения, в которых отстаивалась церковная реформа или хотя бы «галликанская» позиция, автоматически вносились в Индекс. Однако невозможно было совершенно игнорировать ценности и взгляды времени. Так, например, Священная канцелярия больше не обладала прерогативой сжигать людей. Были также и некоторые ограничения касательно пыток. Но Священная канцелярия, по папскому указу, по-прежнему сохраняла за собой право «отлучать, конфисковывать, запрещать, осуждать на пожизненное заключение, а также приговаривать к тайной казни в случае тяжких преступлений». Папская полиция и шпионы продолжали быть вездесущими и быстро реагировали в случае проявления политического или теологического своеволия. Аресты были обычным делом и проводились массовым порядком. Случаи политических преступлений разбирались особыми судами, в которых в качестве судей выступали исключительно священнослужители, обладавшие неограниченной властью. «В лучших традициях» инквизиции обвиненным никогда не дозволялось встречаться со свидетелями, которых использовало против них следствие, как не разрешалось им пользоваться услугами адвоката. Врачам запрещалось продолжать лечение любого пациента, который, после третьего посещения, не консультировался со своим духовником. Врачам-евреям воспрещалось практиковать вообще. Вследствие давления со стороны папы они также оказались под запретом на прилегающей территории Тосканы.
Таков был светский режим Пия IX. Словно для того чтобы также окружить себя армией небесных стражей, папа принялся канонизировать беспрецедентное количество святых. В 1862 году, например, он причислил к лику святых двадцать шесть человек, одновременно канонизировав двадцать шесть миссионеров, убитых в Японии в 1597 году.
Он назначил в епархии близких себе по духу епископов и учредил свыше 200 новых диоцезов. Действуя только от своего имени – то есть без согласия Всецерковного собора, о котором говорилось в постановлении Констанцского собора, – он наделил статусом официального догмата доктрину Непорочного Зачатия. Вопреки ошибочному толкованию некатоликов, этот догмат имел в виду не предполагаемое Непорочное Зачатие Иисуса. Скорее он утверждал то, что Мария, дабы послужить сосудом для воплощения Бога в Иисусе, должна была сама родиться свободной от греха.
Благодаря провозглашенному папой догмату Ее непорочность стала «истинной» в силу обратной связи.