Получив перевес в свою пользу, папа мог быстро, безжалостно и решительно разбираться со всяким несогласным. Так, например, когда хорватский епископ осмелился утверждать, что даже протестанты способны любить Иисуса, его речь потонула в громком негодующем крике. Когда он далее осмелился «оспаривать возможность решения доктринальных вопросов простым большинством голосов», большинство взорвалось яростными криками линчующей толпы: «Люцифер! Анафема! Второй Лютер! Вышвырните его вон!»
Не брезговал приемами запугивания и сам папа. Когда, например, иерусалимский патриарх позволил себе возражать против предложенной буллы, дававшей папе дополнительные полномочия по назначению священнослужителей, папа сердито призвал его на аудиенцию в одну из комнат своих покоев. Как только он вошел в комнату, понтифик, трясясь от ярости, закрыл за ним двери на засов. Его поставили перед выбором – либо он письменно отдает свой голос в пользу буллы, либо лишается сана. Если он не сделает ни того ни другого, он никогда не выйдет из комнаты. В этот раз патриарх уступил. Когда же позже он снова выступил на соборе против папы, он был без долгих рассуждений смещен со своего поста. В этой атмосфере запугивания и угроз мало церковных деятелей имели достаточно мужества открыто протестовать. Многие из них покинули собор еще до окончания его работы. Папа поощрял их бегство, будучи рад избавиться от противников. Вскоре стало очевидно, что главная и конечная цель I Ватиканского собора заключалась в провозглашении догмата о папской непогрешимости. Этот вопрос, однако, не был объявлен заранее. В действительности его хранили в строжайшей тайне. Префект секретных архивов Ватикана лишился места за то, что позволил некоторым друзьям заглянуть в папский регламент дебатов; а на случай, если у него был ключ, который он мог передать своему преемнику, дверь, ведшую из его комнат в архив, замуровали.
Инквизиция же была осведомлена о планах папы. В ее задачу входило сохранять их в тайне до соответствующего момента, а затем проводить их в жизнь, несмотря на возможную оппозицию. Из пяти лиц, которые председательствовали на I Ватиканском соборе, трое были кардиналами, все из которых являлись членами инквизиции. Из различных комиссий, действовавших на соборе, самой важной была комиссия по вопросам теологии и догматики. По совету кардинала Джузеппе Бизари, также члена инквизиции, было постановлено, «что Священная канцелярия должна составлять основу комиссии, наделенной прерогативой решать доктринальные вопросы». Когда один кардинал выразил беспокойство по поводу вынесения вопроса о непогрешимости папы, ему сказали, чтобы он не беспокоился и предоставил все инквизиции, а обо всем остальном позаботится Святой Дух.