Этот акт Паэса население Венесуэлы восприняло с одобрением. В период войны за независимость как патриоты, так и испанцы принимали весьма решительные меры против нелояльных по отношению к ним служителей культа. Верующие в те годы привыкли видеть церковника с оружием в руках в роли солдата, политического деятеля или арестанта. Убедившись, что их высылка не вызвала среди венесуэльцев волны фанатизма и антиправительственных выступлений, Мендес и его единомышленники пошли на попятную и заявили о своем согласии с конституцией. В апреле 1832 г. им было разрешено вернуться в Венесуэлу. Возвратившись в страну, Мендес продолжал критиковать правительство Паэса, обвиняя его в янсенизме и потворстве протестантам. Эти нападки усилились после того, как в 1833 г. конгресс отменил церковную десятину и поручил правительству выплачивать священникам вместо десятины жалованье, а также запретил им преподавать или занимать какие-либо должности в средних школах. Недовольство духовенства еще больше возросло, когда годом позже конгресс принял закон, гарантировавший свободу совести («свободу культов»), а в 1836 г. установил светскую регистрацию актов гражданского состояния. В ответ на эти меры Мендес призвал верующих к бойкоту «еретиков и иностранцев». Английский консул в Каракасе Роберт Керр Портер заявил правительству протест и потребовал обуздать распоясавшегося архиепископа. Паэс вынужден был внять протесту, ибо Портер в то время являлся единственным иностранным дипломатом в Венесуэле, а Англия — единственной страной, признавшей правительство Паэса. Поэтому, когда Мендес отказался утвердить предложенные ему правительством кандидатуры на епископские кафедры и угрожал отлучением верующим за неуплату десятины, он был привлечен Верховным судом к ответственности за отказ подчиниться закону о патронате. Суд предписал Мендесу в течение 48 часов назначить па церковные должности указанных ему священников, в противном случае он лишался права занимать пост архиепископа и подлежал немедленной высылке за границу. Мендес отказался подчиниться. 30 ноября 1836 г. он был снова выслан из Венесуэлы на Кюрасао. Там он оставался три года, а затем перебрался в Новую Гранаду, где и умер в 1839 г.
Поражение Мендеса — идейного наследника испанских церковников — решило конфликт с церковью в пользу государства, тем более что Мендес не нашел сторонников не только в правящих кругах, но и среди верующей массы.
В 1837 г. конгресс закрыл все мужские монастыри в стране, национализировал их собственность, передав ее в распоряжение министерства просвещения. В 1841 г. конгресс предписал священникам не подчиняться инструкциям Ватикана, если они противоречат законам страны; обязал архиепископа и епископов при вступлении в должность приносить присягу на верность и послушание «конституции, законам и правительству республики», причем, как отмечалось в тексте закона, подчинение папскому престолу ни в коей мере не освобождало служителей церкви от этой присяги 12
.Плохо оплачиваемая церковная карьера перестала привлекать венесуэльцев. В 1843 г. в стране насчитывалось всего 329 священников и 84 монаха. Так как почти половина приходов не имела священников, правительство разрешило въезд в страну испанским церковникам. Но это вызвало резкие протесты со стороны либералов, опасавшихся, что испанские клирики превратятся в опору местной реакции.
Антиклерикализм консерваторов по мере того, как контроль правительства над церковью усиливался, шел на убыль. Теперь с антиклерикальными лозунгами выступала главным образом оппозиционная либеральная партия, ее руководители надеялись благодаря этому получить поддержку широких кругов населения.
В 1841 г. под предлогом того, что в провинциальных средних школах ощущался недостаток учителей, церковникам вновь разрешили заниматься в них преподавательской деятельностью. В том же году конгресс уполномочил президента привлечь католических миссионеров, правда под весьма строгим контролем гражданских властей, для работы среди нпдейского населения в штатах Гвиана и Маракайбо. Однако большинство прибывших с этой целью церковников осело в городских приходах. И в наше время иностранные миссионеры продолжают «цивилизовывать» венесуэльских аборигенов.
В 1847 г. на смену консерваторам пришли либералы, также связанные с олигархией, хотя и с более умеренными ее кругами. Либералы в лице их лидера, тогдашнего министра внутренних дел Антонио Леокадио Гусмана, еще более усилили контроль над деятельностью духовенства.