Поворот Боливара к церкви в 1828 г. встретил резкую оппозицию со стороны Паэса — верховного правителя Венесуэлы. Паэс писал по этому поводу Боливару, что в Венесуэле духовенство не пользуется таким влиянием, как в Новой Гранаде, поэтому вряд ли оно может быть полезным правительству: «Мы много трудились, чтобы разрушить ужасы фанатизма и влияние священников нд народ. Теперь они в Венесуэле редко вмешиваются в общественные дела.., Я считаю, что ваш совет поддерживать религию следует претворять в жизнь с большой осмотрительностью, учитывая, что разум нашей эпохи предпочитает свободу мысли» п
.Выход Венесуэлы из состава Великой Колумбии прошел под знаком враждебной кампании по отношению к Боливару, которого венесуэльские руководители упрекали, в частности, в том, что он изменил освободительной программе, связавшись с церковниками. Последние, естественно, тянулись за Боливаром, в лице которого они видели после 1828 г. своего главного союзника. Поэтому Паэс недоверчиво относился к служителям церкви, опасаясь, что именно они могут стать средоточием всех враждебных венесуэльской независимости сил. Для этого у него были веские основания: в 1830 г. Боливар отмечал, что в Венесуэле его гепералами являются церковники.
Конгресс Венесуэлы, йесмотря на сойротийление архиепископа Игнасио Мендеса, включил в законодательство страны закон о патронате, принятый в 1824 г. конгрессом Великой Колумбии в Кукуте. Этому закону Венесуэла оставалась верной на протяжении всей своей истории независимо от того, находились у власти либералы или консерваторы. И те и другие считали, что церковь обязана подчиняться гражданской власти, и в случаях неповиновения духовенства предпринимали против него решительные меры. Такая позиция гражданских властей, последовательно проводившаяся по отношению к духовенству в Венесуэле с первых лет независимого существования, способствовала тому, что религиозный вопрос не проявлялся здесь столь остро, как в других республиках Латинской Америки.
Приверженность правящих кругов Венесуэлы патронату отразилась и на содержании многочисленных (около 40) конституций, принятых после провозглашения независимости. Ни в одной из них церковь не наделялась какими-либо особыми правами или привилегиями. В первой же конституции Венесуэлы, принятой в 1830 г., отсутствовало какое-либо упоминание о религии. Это вызвало резкие протесты со стороны архиепископа Мендеса, который потребовал объявить католическую религию государственной, угрожая в противном случае не присягать конституции или сделать это с оговорками. Его поддержали другие церковные иерархии. Хотя Мендес в прошлом был участником войны за независимость и многие годы сражался бок о бок с Паэсом, последний отказался пойти на какие-либо уступки и выслал на остров Кюрасао его и епископов Мериды и Гвианы, отказавшихся присягнуть конституции.