В 1849 г. президентом страны стал лидер либералов Хосе Иларио Лопес (1798—1869), с именем которого связано осуществление многих буржуазных преобразований. Участник войны за независимость, с сочувствием относившийся к идеям французской революции 1848 г., Лопес отменил рабство, восстановил демократические свободы, развивал просвещение (при нем был принят закон об обязательном и бесплатном начальном образовании), пытался осуществить частичную аграрную реформу, отменил смертную казнь, содействовал развитию дорожной системы (при нем началось строительство первой в стране шоссейной дороги).
Лопес был сторонником отделения церкви от государства. Одними из первых актов его правительства были запрет ордена Лойолы и высылка иезуитов за пределы Новой Гранады. Лопес отменил церковную десятину, принял закон о разводе, аннулировал все особые права и привилегии церкви. Наконец, в 1853 г. конгресс одобрил закон об отделении церкви от государства (представитель Новой Гранады был отозван из Ватикана); Таким образом, Новая Гранада стала первой латиноамериканской республикой, принявшей такой закон.
Церковники призвали верующих не подчиняться правительству Лопеса. Их подрывная деятельность вынудила президента принять решительные меры: архиепископ Боготы Мануэль Хосе Москера, епископы Памплоны, Санта-Марты и Картахены, а также ряд священников были высланы из страны.
Реформистская деятельность Лопеса вызвала ожесточенное сопротивление олигархических кругов, к которым присоединилось умеренное крыло либералов. В 1858 г. этим силам удалось вернуть в страну иезуитов. Церковь вновь стала пользоваться покровительством властей. В 1860 г. президентом страны был избран консерватор генерал Томас Сиприано де Москера. Пытаясь заручиться поддержкой либералов, Москера не только поддержал отделение церкви от государства, но и отстаивал право правительства одновременно «покровительствовать» церкви, что на практике вело к полному подчинению духовенства светской власти. Москера вновь изгнал иезуитов, национализировал церковную недвижимую собственность (за исключением культовых зданий), запретил все монастыри и монашеские ордены, секуляризировал кладбища, объявил гражданский брак единственно законным.
Церковная иерархия ополчилась на Москеру, угрожая ему отлучением. Но Москера арестовал тогдашнего архиепископа Антонио Эррана и отправил его в ссылку. Других непокорных прелатов постигла такая же участь. Вслед за этим правительство издало декрет, обязывающий всех служителей культа при вступлении в должность приносить присягу на верность конституции и законам страны. Те, кто отказывался выполнить это требование, подлежали высылке из страны.
В 1863 г. была принята новая конституция. Она не содержала упоминания о боге и начиналась словами: «От имени и по поручению народа...»5
. Конституция провозглашала свободу вероисповедания. Вместе с тем ст. 23 указывала, что «национальное правительство и власти штатов, действуя в поддержку национального суверенитета и в целях обеспечения безопасности и спокойствия, имеют право осуществлять верховный контроль над деятельностью религиозных культов»6. Эта статья ставила деятельность духовенства в полное подчинение властей. Конституция оказалась одной из самых «долговечных» в истории страны: она просуществовала без изменений до 1886 г. Она же установила и новое название страны — Соединенные Штаты Колумбии.Москера и его сторонники оказались неспособными осуществить кардинальные реформы, которые открыли бы путь быстрому прогрессу страны. В экономическом отношении Колумбия оставалась отсталой, большинство населения — неграмотным, страна часто становилась жертвой гражданских войн, политические деятели превращались в каудильо, стремившихся любой ценой захватить власть и удержать ее в своих руках. В 1856 г. Колумбия утратила контроль над панамским перешейком, который был временно оккупирован войсками США.
В 1886 г* реакционным консервативным силам, которые возглавил бывший либерал Рафаэль Нуньес, удалось вновь вернуться к власти. В годы долгого правления консерваторов (46 лет) католическая церковь полностью восстановила свои прежние позиции, превратилась в надежную опору олигархического режима.
Принятая в 1886 г. конституция вводила для избирателей имущественный ценз, лишавший 75% населения избирательных прав, заменяла федеральную форму правления централизованной. Она вновь начиналась ссылкой на бога, провозглашала католическую религию государственной, передавала всю систему просвещения под контроль церкви. Конституция уполномочивала правительство заключить с Ватиканом конкордат, который регулировал бы отношения церкви с государством. Конкордат был заключен уже в 1887 г. с редкой для таких документов быстротой. Он состоял из 33 статей и был подписан статс-секретарем Ватикана кардиналом Мариано Рамполлой и представителем Колумбии Хоакином Ф. Велесом.