Авторитет халифов подвергся суровому испытанию, каковое представляли собой последствия мятежных действий, произошедших к концу IX в. в самом сердце аббасидской империи (бунт занджей, затем восстание так называемых карматов) и потребовавших вмешательства значительных вооруженных сил. Первый бунт был результатом сложившейся социальной ситуации в Нижнем Ираке, которой халифат пренебрег в свое время. Действительно, в этом регионе аббасидские принцы и сановники разного ранга располагали крупными владениями, где выращивался сахарный тростник и использовалось множество черных рабов из Восточной Африки, положение которых было незавидным. В 869 г. человек по имени Али, претендовавший на родство с зятем Пророка, поднял мятеж, подавить который было тем более трудно, что занджи действовали на территории каналов, затруднявших какие-либо военные операции. Оттуда мятежники совершали набеги в Хузистан, побивая и разоряя все на своем пути и перехватывая торговлю между Багдадом и Басрой, которая была разграблена, и даже взяли Васит. Только за счет огромных средств стало возможным в 883 г., спустя 14 лет, занять и разрушить «столицу» занджей, что праздновалось как триумф, обеспечивший его творцам, «регенту» ал-Муваффаку и его энергичному секретарю, исключительные почести.
Впрочем, еще более опасными окажутся в том же регионе проявления довольно темных революционных движений, которые обычно называют карматскими. Они были развернуты человеком, называвшим себя Хамдан Кармат (отсюда название движения), и на первый взгляд, несмотря на сомнение некоторых ученых, пропагандировали исмаилизм — разновидность шиизма, сторонники которого ожидали возвращения 7-го имама Исмаила или его сына, но фактически эти движения вели самостоятельное существование как в Ираке и Аравии, так и в Сирии и всегда подчеркивали свою сугубую независимость от других течений. Первый бунт, опиравшийся на прежних мятежников — занджей, начался в конце правления ал-Мутадида и развернулся в окрестностях дороги хаджа между Ираком и Аравией, он прекратился со смертью халифа в 902 г., а его предводитель Абу Саид перебрался в Бахрейн, где с этого времени организовал самое настоящее малое государство на общинной основе, которое просуществовало несколько десятков лет.
Затем Сирия стала основным полем деятельности карматских банд, связи которых с повстанцами Нижнего Ирака неизвестны, зато известно, какой ужас они посеяли в стране. Они захватили многие важные города, в частности Дамаск, пока не были разбиты халифской армией, которая привела пленником в Багдад их предводителя Сахиба ал-Хала, «человека с родинкой», вскоре казненного в столице на глазах толпы, и сумела вернуть мятежные регионы в орбиту аббасидской власти.
Кроме того, в начале IX в. произошло несколько попыток провинциального отделения, особенно на восточных территориях империи, а опасные восстания занджей и карматов только усугубили нависшую над халифатом угрозу, обусловленную событиями более отдаленными. Наиболее серьезной была, несомненно, авантюра Саффаридов, предпринятая с 867 по 900 г. и потревожившая аббасидское правительство в тот самый момент, когда оно было занято войной рабов Нижнего Ирака. Возглавляемая с самого начала бывшим ремесленником-медником по имени Йакуб ал-Саффар, эта освободительная акция приобрела народный характер, что позволило ей очень быстро охватить весь Систан, который составлял тогда часть владений полуавтономных наместников Тахиридов. Банды ал-Саффара и его наследников сумели затем захватить Хорасан и даже одержать несколько побед над халифскими войсками, пока им, в свою очередь, не пришлось склониться перед силами Саманидов. Последние водворились в Мавераннахре и восприняли там наследие Тахиридов (которые определяли историю крайнего Ирана с 821 по 873 г.), оставаясь под угрозой отзыва со стороны центральной власти. Сделав еще один шаг па пути к независимости, Саманиды, победители Саффаридов в 900 г., продолжали признавать верховную власть халифа, но уже практически не отчитывались перед ним и имели собственную администрацию, армию, равно как и финансовую автономию, что серьезно уменьшало значение области, контролируемой Багдадом и способной наполнять казну аббасидского государства.
Их деятельность совпала с еще одной освободительной попыткой наместника египетской провинции, тюркского военачальника Ибн Тулуна, который, не объявляя себя независимым, сумел в 871 г. назначить подконтрольных себе финансовых чиновников, использовать для своей выгоды ресурсы страны, эксплуатировавшиеся прежде центральным правительством, обзавестись собственной личной армией и передать свою власть по наследству сыну. Только военный поход, организованный много позже энергичным сувереном ал-Муктафи, вернул халифских агентов в Египет и уничтожил тулунидскую династию в 905 г.