Но успешное развитие городов отодвинуло на второй план и сделало анахроническим и старое и новое монашеское и отшельническое движение, связанное с сельским, феодальным обществом. Продолжая приспосабливаться, церковь произвела новые ордена — нищенствующие. Сделала она это не без труда, не без колебаний. К 1170 г. лионский купец Пьер Вальдо с учениками, лионскими бедняками, которых позднее прозвали вальденсами, зашли в критике церкви столь далеко, что наконец порвали с ней. В 1206 г. сын богатого ассизского купца Франциск вступил как будто бы на тот же путь. Собравшиеся вокруг него единомышленники, поначалу двенадцать «меньших братьев», братьев миноритов, были озабочены лишь тем, чтобы смирением и абсолютной бедностью, обрекавшей на нищенство, способствовать очищению этого испорченного мира. Суровость их обета беспокоила церковь. Папы (Иннокентий III, Гонорий III, Григорий IX), римская курия и епископы стремились навязать Франциску и его товарищам устав, сделав из них орден, входящий в церковную организацию. Франциск был охвачен сильным душевным смятением, разрываясь между своим строгим идеалом и страстной привязанностью к церкви и ортодоксии. Он уступил, но сам удалился в пустыню. Там, в Ла-Верне, накануне его смерти (1226) стигматы положили конец его страданиям, став искуплением и вознаграждением ему. Его орден после него долгое время раздирался борьбой между ревнителями абсолютной бедности и сторонниками приспособления к миру. Папство поддерживало умеренных, выступая против экстремистов, называвших себя братиками, которые кончили тем, что, как и вальденсы, порвали с церковью.
В то же самое время, когда выступление Франциска привело, вопреки его намерениям, к появлению ордена братьев миноритов, или францисканцев, знатный испанский каноник Доминик Гусман охотно принял от папы устав для небольшой группы проповедников, которых он объединил, чтобы проповедью и примером бедности вернуть на путь ортодоксии еретиков. Современники, братья минориты и братья проповедники, получившие название доминиканцев, стали душой нищенствующих орденов, образовавших в XIII в. новое воинство церкви. Их своеобразие и доблесть состояли в том, что они решительно повернулись к городской среде. Именно этому новому обществу они проповедью, исповедью и своим примером стремились дать ответ на возникшие новые вопросы. Они перенесли обители в людные города. Карта францисканских и доминиканских домов в конце XIII в. — это карта городской сети христианского мира. Они продублировали монастырские кафедры университетскими, где, утвердившись, затмевали всех других. Знаменитые профессора Парижского университета Фома Аквинский и Бонавентура были один доминиканцем, а второй францисканцем.
Однако, несмотря на успешную адаптацию, церковь, и далее применявшаяся к эволюции христианского мира, уже не могла им руководить как в Раннее Средневековье. С конца XII в. новые ордена цистерцианцев и премонстрантов стали терять свое влияние. Даже к нищенствующим орденам отношение уже было не единодушным: коль скоро труд становился базовой ценностью нового общества, допустить, что можно жить нищенством, было непросто. Университетские преподаватели, писатели, которые были, несомненно, выразителями более широкого общественного мнения, сильно попрекали братьев их нищенством. Парижский магистр Гийом де Сент-Амур, Жан де Мен, автор второй части «Романа о Розе», со страстью обрушивали обвинения на новые ордена. Фома Аквинский и Бонавентура, возражая им, вынуждены были напрягать всю силу своих доводов. В глазах части народа доминиканцы и францисканцы были символом лицемерия, а первые к тому же вызывали ненависть тем, что возглавляли репрессивную борьбу с ересью, взяв в свои руки инквизицию. Первый доминиканский мученик св. Петр Страстотерпец был убит в Вероне в 1252 г. взбунтовавшимся народом, и его образ с пронзенной кинжалом головой был во множестве распространен усилиями ордена.