В Раннее Средневековье именно церковные соборы задавали тон христианскому обществу. Соборы XII и XIII вв. уже приноравливались к эволюции этого общества. Наиболее известный и важный из них, IV Латеранский собор 1215 г., который организовал систему обучения и установил обязательное пасхальное причащение, был попыткой вернуть былое влияние и оказался запоздалым. XIII век стал веком секуляризации в большей мере, нежели веком готических соборов и схоластических сумм. В 1277 г. епископ Парижский Этьен де Тампье, издав перечень из 217 осуждаемых им тезисов, и архиепископ Кентерберийский доминиканец Роберт Килуордби с помощью аналогичного документа попытались обуздать интеллектуальную эволюцию. Они осуждали вперемешку и куртуазную любовь, и распущенность нравов, и чрезмерное обращение к разуму в теологии, и поощрение опытной рационалистической науки. Это постановление оказалось действенным лишь в отношении передовых течений мысли, которые не опирались еще на достаточно надежные инфраструктуры. Но несомненно, что, если даже и не все клирики поддерживали эти осуждения, они свидетельствуют не просто об отсталости, но уже о «реакционности» церкви.
Ее идеологическая монополия столкнулась с опасной угрозой. Начиная с первых проявлений подъема Запада около тысячного года лидерство церкви уже стало оспариваться, и прежде всего ересями. Шампанский крестьянин Леутард, проповедовавший неортодоксальное Евангелие жителям Вертю и окрестностей, итальянские еретики из Монтефорте, миланцы-патарены, тесно связанные с городскими движениями, и многие другие возмущали время от времени города и целые области. Ученые еретики, как Росцелин, Абеляр (если он был еретиком), его ученик Арнольд Брешианский, выплеснувший ересь из школ на улицы Рима и поднявший народ против папы, также вносили смуту, но в более ограниченные круги населения. Церковь, часто поддерживаемая государями, охотно предлагавшими ей свою «светскую руку», реагировала быстро и решительно. И в 1022 г. в Орлеане запылали первые костры с еретиками.
Но скоро оформилось и разлилось более мощное и опасное течение. Вдохновленное восточными ересями, связанное с балканским богомильством, оно из Италии проникло во Франции и Центральную Европу. Возникли разнородные в социальном отношении объединения, куда отчасти входило дворянство, но более всего горожане, бюргеры и ремесленники, и под разными названиями появились целые движения, более или менее согласные друг с другом. Наибольшего успеха добилось движение катаров. Катары — манихейцы. Для них было два равно могущественных начала: Добро и Зло. И Господь Бог беспомощен перед князем зла, которого одни считали равным ему богом, а другие низшим по отношению к нему дьяволом, но с успехом восставшим против него. Земной мир и составляющая его материя — это творение Бога зла. Поэтому и католическая церковь принадлежит ко злу. И в отношении мира, его организации, феодального общества и его наставника — римской церкви возможно лишь полное их отрицание. Катары быстро организовались в церковь со своими епископами, духовенством из «совершенных» людей и создали свой особый ритуал. Это была антицерковь с учением, представлявшим собой антикатолицизм. Они имели сходство и даже связи с другими еретическими течениями XIII в., как вальденсы, спиритуалы и особенно иоахимиты, чье движение, балансировавшее на грани ортодоксии и ереси, вдохновлялось учением калабрийского монаха Иоахима Флорского. Иоахимиты верили в три эпохи: эпоха Закона, или Ветхого завета, за которой следует эпоха Справедливости и Нового завета, когда мир еще испорчен и управляется церковью, которая должна исчезнуть и уступить место Любви и Вечному Евангелию в третью эпоху. Этот милленаризм выражался также в ожидании конца этого мироустройства и церкви и пришествия нового порядка в определенном году — 1260-м. Когда он прошел, многие стали связывать свою веру в третью эру с понтификатом разделявшего их взгляды папы Целестина V (1294). Понтификат оказался кратким. Целестин V, вынужденный через несколько месяцев отречься, был помещен в монастырь, где вскоре и умер — не без того, чтобы его преемника Бонифация VIII не заподозрили в причастности к его исчезновению. Смерть этого папы, совершившего, по словам Данте, «великое отречение», символизировала поворот в истории христианского мира.
Церковь в конце XIII в. взяла верх над этими движениями. Исчерпав традиционные и мирные средства против катаров и близких им еретиков, она прибегла к силе. Прежде всего к военной. Был организован крестовый поход против альбигойцев, завершившийся победой церкви, которой помогли северофранцузское дворянство, а позднее, после ряда отказов, и французский король, заключивший парижский договор 1229 г. Затем последовали репрессии, организованные новым учреждением церкви — инквизицией. Реально, несмотря на большие затруднения, церковь в начале XIV в. выиграла свою партию. Но она проиграла ее перед судом истории.